根据《种子法》规定，种子经营许可证实行分级审批发放制度。
主要农作物杂交种子及其亲本种子，常规种原种种子许可证，由种子经营者所在地县级农业行政主管部门审核，省级农业行政主管部门核发。其他种子经营许可证由种子经营者所在地县以上地方人民政府农业行政主管部门核发。从事种子进出口业务的种子经营许可证，由注册地省级农业行政主管部门审核，农业部核发；实行选育、生产、经营相结合，注册资本金额达到农业部规定条件的种子经营单位的经营许可证，可以直接向注册所在地省级农业行政主管部门申请审核，报农业部核发。申请种子经营许可证应向审核机关提交以下文件：
（一）农作物种子经营许可证申请表；
（二）检验人员资格证书；
（三）种子检验仪器清单和照片；
（四）种子加工设备清单和照片。
实行选育、生产、经营相结合，向农业部申请种子经营许可证的，还应提交育种机构及相应的育种条件、自有品种、繁育基地、检验室达标、销售网络、注册商标的证明以及种子生产经营情况说明。种子经营许可证的申请，由经营者在辖区内向审核机关提出。审核机关在收到申请后，应对经营地点、加工仓储设施、检验设施和仪器应当进行实地考察。具备规定条件的，签署审核意见，报审批机关审批；不符合条件的，由审核机关向申请者做出书面说明。