南京大学拥有悠久的历史，它的院系设置丰富多样，为中国教育发展做出了重要贡献。早期，它设立了中国第一个文理学院，以及商学院，开创了众多国内最早的学科，如生物、地学、气象、心理学、西洋文学、建筑、航空和体育艺术等。
在文学院，设有文学、语言学、文献学、戏剧影视艺术、大学语文、哲学（宗教学）、历史学等专业。理学院则包含了数学系，培养科学基础人才。天文与空间科学学院有天文学和空间科学系，研究宇宙的奥秘。物理学院包括现代物理、物理学、光电科学、声科学与工程等，致力于物理学的前沿研究。
电子科学与工程学院涵盖了电子工程、微电子、光电子学、信息电子学、通信工程等专业，推动科技进步。现代工程与应用科学学院专注于材料科学与工程领域。地球科学与工程学院设有地球科学、水科学、地质工程等多个方向。大气科学学院研究气象和大气物理学，地理与海洋科学学院涵盖了海洋和城市规划等领域。
新闻传播学院、商学院分别涵盖了经济、管理、外语等多学科，培养复合型人才。其他如法学院、生命科学学院、政府管理学院、信息管理学院、社会学院等，各具特色，致力于培养不同领域的专业人才。
医学方面，医学院设有临床医学、基础医学和口腔医学，关注人类健康。软件学院、海外教育学院、工程管理学院等，为国际化教育和工程实践贡献力量。教育研究院、匡亚明学院（基础学科教育学院）等则专注于基础教育和研究。
体育部、文化艺术教育中心、模式动物研究所、中美文化研究中心等，丰富了校园生活和文化交流。建筑与城市规划学院的建筑和城市规划专业独具特色，国际学院和国防生项目则为国际化和国防建设培养人才。美术研究院则致力于艺术研究，金陵学院则是南京大学的一个重要组成部分。
南京大学坐落于钟灵毓秀、虎踞龙蟠的古都南京，学校前身上可溯至源于汉后吴永安元年（258年）的南京太学，历史上曾历经多次变迁，是中国第一所现代大学，中国现代科学的发祥地和现代儒家思想与中华文明复兴的基地，倡行人文思想之会通与学术之昌明以求世界的和平繁荣，在教育、学术和文化上均具重要贡献和深远影响。现为教育部直属全国重点综合性大学，国家“211工程”和“985工程”重点建设高校，是九校联盟成员，“珠峰计划”首批11所名校之一，为中国最顶尖的著名学府之一。