一、历史性矛盾
日本陆军的前身是长州藩，而海军的前身则是萨摩藩。在德川幕府统治时期，这两个藩国因为有天然的海港，所以说几乎垄断了大部分的对外贸易。不过长州藩的港口靠向日本海，而萨摩藩的港口对向太平洋，因此在对外贸易上萨摩藩有先天优势，这让长州藩非常的不爽。而且双方的贸易伙伴也完全没有可比性，长州藩的贸易对象是当时列强里航海能力较差的沙俄和美国，而萨摩藩的贸易对象可是航海能力超群的英国和荷兰。
如此一来的话，萨摩藩的贸易利润就远远高于了长州藩，长此以往也导致了长州藩的利润日渐变小。长州藩自然要找个机会收拾萨摩藩，而萨摩藩也绝不会坐以待毙。可以说双方最早的矛盾，就是在这个时候形成的商业矛盾。在商业矛盾的驱使之下，长州藩的日常活动就是派遣人员冒充海盗，去袭击萨摩藩的船只。萨摩藩也是不甘示弱，同样派遣海盗去袭击长州藩的船只。这双方一来一往，仇恨就算是结下了。
在1853年的黑船事件爆发后，面对列强的坚船利炮，日本被迫打开了国门。日本一票浪人武士就按耐不住自己的心情，开始了‘尊皇攘夷’运动。其中长州藩无疑是最为激进的那个，先后两次在下关和列强舰队开战不说，还打算在京都发起政变，劫持‘孝明天皇’去长州藩好推动‘攘夷’大业，捎带脚可能还想自己做新的幕府。而在这种激进思维的驱动之下，长州藩还搞了‘八月十八日政变’和‘禁门之变’。
但对于长州藩异常不幸的是，这两次行动都先后被幕府方挫败，而且都主力都是站在了幕府一边的萨摩藩。严格说萨摩藩也打算攘夷，但他们是打算先推翻幕府，然后再考虑壮大国家和攘夷大业。那基于这么一个行动方针的话，长州藩的举动无疑是给萨摩藩添堵。所以萨摩藩果断联合了会津藩和幕府，连续两次挫败长州藩的行动。气不过的长州藩也没办法，只能人人在鞋子上绣上‘萨奸会贼’出气。
二、建军时的矛盾
虽然说萨摩藩和长州藩看谁都不顺眼，但是从推翻幕府的大局考虑，尤其是萨摩藩占据了优势地位的情况下，长州藩还是被迫和萨摩藩组成了‘萨长同盟’，一起起兵组成政府军拥立明治天皇，并且开始了推翻幕府的戊辰战争。长州藩和萨摩藩那都是典型的武德充沛，再加上效仿了西方进行军事改革，配备了大量西方先进武器之后，幕府军自然是赢不了政府军，一年就被政府军打了个一败涂地，彻底成了历史的过去式。
可戊辰战争虽然结束，长州藩和萨摩藩在明治政府里可还有的斗呢。从谁在政府里占据多少位置，再到建立正规军的方针，哪怕是芝麻大的事情都要吵上一架。那时候的萨摩藩和长州藩，几乎是天天能在会议室开个全武行。得亏这个时候管理留守内阁的是西乡隆盛，否则双方真的能就地拔出刀来，来个血溅七步不可。在经过了一系列扯皮和讨价还价之后，长州藩去建立了陆军，而萨摩藩则跑去建立了海军。
然而就算是这样，萨摩藩和长州藩也不打算安分，毕竟决定了各自管理的军种之后，还得考虑一下谁拿更多的军费呢。很不幸的是，长州藩在这一过程里再次吃亏了，因为长州藩建立的是花钱少的陆军，所以这军费很大一部分就不是流向他们，而是直接流向了萨摩藩建立的海军。毕竟日本是个岛国，没有一支强大的海军可怎么行啊？于是海军拿了大部分的军费，不仅用来购买军舰，就连江田岛海军兵学校的砖头都是从英国购买来的。
这一情况真是让陆军急红了眼，毕竟陆军现在想要扩个军都没有钱不说，陆军的士兵们也只能顿顿米饭、咸菜和味增汤，而海军却占据了大笔军费，这能不让人恨的牙痒痒吗？所以后来陆军借着西乡隆盛起兵造反的机会，狠狠地打击了海军一波。奈何海军是萨摩藩搞起来的，而萨摩藩又是日本最先进行改革的藩国，和日本各路实业家、大商人都有关系，因此海军仍旧是屹立不倒。对此情况，陆军也只能痛骂陆军马鹿了，谁让长州藩没那个人脉和资本呢？
旧日本海军和日本陆军不和，是有着很深的历史根源和现实原因的，两个派系的争斗从幕府末年一直持续到二战结束以后。日本海军一开始并不是日本政府的行为，而是封建诸侯开启的变革，