主要是因为日本海军在和清朝的甲午海战中逐渐的崛起。并且在一些利益分配上和陆军起到了非常大的冲突。所以才会导致日本的陆军和海军水火不容。因为日本是一个资源非常匮乏的国家，只能优先发展一种军种，但是由于要在日后进行非常大规模的海上作战，所以必须要优先发展海军，这也造成了原本拥有着非常充足的军费的日本陆军不满。
当然日本陆军和海军的矛盾由来已久，因为他们都是有不同的地区组建的，所以之间的风俗以及矛盾冲突非常的大。所以虽然同处于日本军队，但是他们却面和心不和。更重要的是在一些利益纠纷上，更是产生了非常激烈的矛盾。因为当时日本的钢铁产量非常的低，所以只能提供给一个军种进行使用，然而日本海军建造军舰非常耗费，刚才这也引起了陆军的强烈不满。
所以日本陆军和海军的矛盾也是造成日本最后战败的一个主要原因。因为日本陆军和海军之间并没有进行协同配合作战，这也导致在一些对外作战中发挥失常。被其他国家逐个消灭。所以最后也导致了日本的海军实力损失殆尽。并且陆军在中国和东南亚地区也遭到了强有力的抵抗元气大伤。
这也主要是由于日本的军国主义思想造成了这种兵种之间的不和睦。然而这种不和睦对于反法西斯国家来说可以说是一种幸运，因为如果日本陆军和海军非常的和睦并且愿意协同配合的话，将会给世界反法西斯人民带来非常大的灾难。
日本陆军和海军之间的矛盾由来已久，而且不可调和，其中的原因错综复杂，这里只能说个大概。这个矛盾产生的时间可以追溯到日本的战国时代，血腥的战争使一些氏族成为了世仇，而到了19世纪，当美国的炮舰外交打开了日本锁国的大门后，日本的藩主们或武士们又因为公武合体（联合朝廷和幕府改造幕府权力）和尊王攘夷之争以及后来各种原因的内战又产生了新的仇敌。所以，当明治维新开始建立现代化的陆军和海军的时候，如果一个氏族的子弟进入了陆军，那么他的仇敌一定会把自己的子弟送进海军，反之亦是，加上陆军中的主要势力长州派与海军的主要势力萨摩派之间本来就有敌意，这就造成陆军和海军之间势如仇敌，甚至互相拆台。
军队要有实力，自然要有先进的武器和充足的物资，虽然日本有专门管理军队后勤供应的行政机构，但陆军和海军根本不接受这种管理，它们各自建立起自己的控制机构，征收各种战略物资，向生产厂家订购武器装备，甚至自己建立兵工厂生产军备。
建立了兵工厂，双方就明里暗里开始了竞争，其中最为激烈地要飞机制造，尽管双方都有了自己的飞机制造厂，但是如果陆军新建了一个规模更大的，那么海军马上也会建一个，而且相互之间完全保密，只是在暗中较劲，看看最终是谁设计的飞机超过了对方。
这样的竞争达到了荒谬的程度，即使是用途相同的零件，陆军和海军也要让自己的跟对方完全不同，哪怕就是一颗普通的螺钉，如果陆军造的是左旋的，那么海军就一定要造成右旋的，反正就是要跟对方不一样。
这样做的结果当然对国家的财政和资源造成极大的浪费，民用经济计划制定者藤原银次郎在经过一番调查后发现：用来制造飞机的那些宝贵的铝材，只有55%被制成了飞机，剩下全被当作废料卖到了黑市里。
除了飞机，对于造船双方也有争斗。按理说，造船应该属于海军的事情，但陆军偏偏也要插上一脚，不仅建起了自己的造船厂制造潜艇，还干起了商业航运的买卖，甚至连民用船舶的总吨位都超过了海军。如同制造飞机一样，在造船和航运方面双方也同样严守秘密，除了不把船只的起航和到港时间、航行路线以及货物的装载等信息进行互换外，就连发现了盟军的潜水艇这种重要信息也不会通知对方。不知道是不是等着对方的船只被潜水艇击沉后，好去讥讽嘲笑一番？
陆军甚至还想建造航空母舰。伊藤正德在他的《联合舰队的覆灭》一书中讽刺道：
据说，为了准备在战争中能够自由地飞到自己想去的地方，日本陆军甚至也设计了小型航空母舰，但是，若以此同美国进行海战，那真是异想天开。
在二战中，日本也想像英美等国一样拥有高效的雷达，但一直没能研制成功，其中的一个重要原因就在于陆海两军之间的斗争。二战结束后，美国的雷达专家们研究了日本的档案资料后指出：
日本的军事首脑们必须受到严厉的批评，他们使陆军和海军的研究开发以及生产工作一直处于完全隔离的状态。日本缺乏拥有足够技能来从事雷达研究的科学家，无法展开工作。然而他们竟然还坚持在两军中进行各自为政的秘密研究，企图用不到一半的人来完成全部的任务，这种事倍功半的方式真是愚蠢到了极点。
其实，日本的高层也清楚这种状况所带来的危险。1941年，天皇裕仁对刚成为首相的东条英机说：“请你一定记住，在目前陆军和海军之间的合作比任何时候都更加重要。我还打算召见海军大臣，告诉他同样的话。”
不管裕仁的话产生了多大效果，反正在随后的太平洋战争爆发的最初几个月里，日本的陆海军有了很好的合作，陆上、海上、空中都配合不错，取得了一连串辉煌的胜利。不过好景不长，短短几个月的合作之后，分裂与不和就再度出现了。
首先是战略问题。日本海军在损失不大的情况下接连获胜，不免自信心爆棚，野心也随之大增，主张对澳大利亚、夏威夷发动攻势。甚至还计划打垮在印度洋上的英国舰队，然后占领印度，向中东地区推进，与那里的德军会师。
其实日本进攻印度正是英国所担心的，1942年4月2日，当日本舰队在锡兰（今斯里兰卡）附近击沉英国海军的“竞技神”号航空母舰和“康沃尔”号巡洋舰的时候，远在伦敦的英国官员们一度恐惧不安，担心日本会继续向西攻击印度，切断英国在印度和中东的石油线，这对英国来说可是致命的打击。
不过，对于日本海军的这些提议，陆军明确拒绝，一来陆军要派遣这么多的部队去作战实在困难，二来运送这些部队需要的大量船只也难以征集，而且当初的战争计划是攫取东南亚的原料，现在实现了这个计划，就应该在这些占领区修建坚固的要塞，形成战略基地群以支持长期作战，最终迫使美国接受日本的条件，完成和平。
总的说来，这个时候海军的理念以进攻为主，陆军以防御为主，双方是截然相反的。
针对这些计划，陆军和海军上层爆发了激烈的争吵，差点上演全武行。最终陆军做了一点让步，也只是答应进攻澳大利亚的莫尔兹比港。随后中途岛战役爆发，日本海军吃了大败仗，自信心受到打击，这才放弃了这些野心勃勃的计划，不过陆海军之间为此产生的分裂再也无法弥补，走上了各自为战的道路。
中途岛海战中被美军击中的日本“三隈”号重巡洋舰
其实在中途岛海战过后，日本海军准将高木础吉曾经向海军军令部提议，建立一个最高指挥部来指挥陆军和海军联合作战，他认为这是日本能获得最后胜利的惟一希望，但陆海军都拒绝了他的提议。
重光葵是二战结束时的日本外相，战后被定为甲级战犯，他在所著的《昭和的动乱》一书中提到他在巢鸭监狱与东条英机谈论战败原因时，东条说道：“与一国命运休戚相关的首相，竟无权过问军队的指挥，这样的国家能取胜吗？统帅部又分为陆军和海军，各自为政，很难合作。中途岛的失败，在一个月后才通知我，而且始终不知道详细情况。这样，直到最后仍没实现作战上的完全统一。”
让陆军和海军的怨恨进一步加深的还有石油问题。由于日军在对被占领地区的石油分配是按照谁先占领谁管理的原则，这就让陆军占有了远远超过海军的油田以及炼油厂，以荷属东印度为例，该地的石油资源陆军就占有了85%，海军的拥有量自然少得可怜。
海军对石油的需求量远远大于陆军，对这样的结果极为不满，双方因此又产生了激烈的争斗。气急败坏的海军甚至对陆军发出威胁，如果不分给海军更多的石油，海军就要扣留陆军的油轮。为了平息两者的争斗，日本政府成立了一个陆-海军石油委员会来分配石油，但毫无作用，因为双方根本没把这个委员会放在眼里，更不会听从它的任何分配政策。
石油短缺对海军的打击是致命的，在1944年6月的马里亚纳海战中，附近的一支日本舰队就因为燃料不足无法前往支援，而在后来的莱特湾战役中，正在本土的日本战列舰“伊势号”和“日向号”受命紧急赶去增援，同样还是因为燃料不足没能及时赶到。
让两个军种无法协调的还有作战地区权力分配不明确的原因，双方都认为对方控制的地区与自己无关而漠不关心。1944年6月塞班岛失守，同盟新闻社的记者加藤高明在文章中分析失败原因时写道：“分配给海军的舰只数量不足以守卫这一地区，而陆军提供的支援不仅不够，而且还三心二意。”
对于陆军与海军之间的矛盾，首相东条英机根本无法解决，他的陆军大将身份加深了海军的抱怨，认为他在物资分配方面偏向陆军，这就使两个军种之间的斗争愈演愈烈，敌意越来越深，已经到了无法控制的地步。
不同军种之间因为各种原因产生争斗在很多国家都不是新鲜事，不过达到日本陆军和海军这样的程度还真是少见。连天皇裕仁都为此迷惑不解，曾问过他的侍卫官：“难道海军和陆军之间真的水火不容吗？如果他们之间存在摩擦的话，那我们就难以赢得战争的胜利。”
连裕仁都看清楚了的事情，可日本陆海军的将领们愣是没看到，就算盟军已经步步逼近本土，国家已到生死存亡的时候，日军这条双头蛇的两个脑袋还为在陆上还是海上与盟军决战，由谁来指挥决战争斗不休，最终还是因为美军扔下原子弹、苏军进攻东北打中了这条蛇的七寸，为两个脑袋的争斗画上了句号。