首先，要看该副总经理职位是否属于该公司的公司章程规定的高级管理人员，若属于，则该副总经理的薪资由公司董事会决定，因为总经理是由董事会或者执行董事选聘，总经理须向董事会负责。总经理传统意义上是一个公司的最高领导人或该公司的创始人。但实际上，总经理所在的层级，还是会因公司的规模而有所不同。若不属于，则该副总经理与公司为一般劳动合同关系，按照与公司签订的劳动合同处理。
《中华人民共和国公司法》第四十六条董事会对股东会负责，行使下列职权：
（一）召集股东会会议，并向股东会报告工作；
（二）执行股东会的决议；
（三）决定公司的经营计划和投资方案；
（四）制订公司的年度财务预算方案、决算方案；
（五）制订公司的利润分配方案和弥补亏损方案；
（六）制订公司增加或者减少注册资本以及发行公司债券的方案；
（七）制订公司合并、分立、解散或者变更公司形式的方案；
（八）决定公司内部管理机构的设置；
（九）决定聘任或者解聘公司经理及其报酬事项，并根据经理的提名决定聘任或者解聘公司副经理、财务负责人及其报酬事项；
（十）制定公司的基本管理制度；
（十一）公司章程规定的其他职权。
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