西欧中世纪大学的组织形式是在中世纪行会组织的影响下形成的。最初的大学称为“教师和学生的团体”，按拉丁语“Universitas”一词也是团体的意思，以后才用来专指大学。
中世纪大学领导体制有两种类型：波伦亚型的“学生大学”，由学生出任校长，主管校务；巴黎型的“先生大学”，由教师出任校长，掌管校务。
中世纪的大学在社会上享有特权。大学享有内部自治权利。学校的事务由教师或学生组成的行会来管理，反对外界干涉学校生活。大学有裁判权，在校内设立特别法庭，当学校里的人和外人发生诉讼时，均由大学设的特别法庭来审理，大学师生均可免除赋税和免服兵役。大学还有迁移权。当大学与教会或城市当局发生矛盾，或受到干涉而得不到完满解决时，学校可行使迁移权，搬出所在地。大学在政治、学术上有崇高威望，对城市的繁荣有重要影响，城市当局为了本市的利益，一般都对大学的要求作出让步。公元1209年，牛津大学学生因涉嫌杀人罪，警察人校捕人，侵犯了大学自治权，学校当局与城市当局发生争执，未获解决，开始迁移剑桥，城市当局便同意让步，已迁至剑桥的部分师生便组成了剑桥大学，成为英国第二所著名大学。但是，大学的自治地位和特权并不稳定，它随着社会各种矛盾斗争的发展，在不断地发生变化。