一、养分不同
复合肥料的养分比例总是固定的，而不同土壤、不同作物所需的营养元素种类、数量和比例是多样的。因此，使用前要先进行测土；而有机肥料不仅能为农作物提供全面营养，而且肥效长，可增加和更新土壤有机质，促进微生物繁殖，改善土壤的理化性质和生物活性，是绿色食品生产的主要养分。
二、来源不同
有机肥料主要来源于植物和（或）动物，施于土壤以提供植物营养为其主要功能的含碳物料。经生物物质、动植物废弃物、植物残体加工而来，消除了其中的有毒有害物质，富含大量有益物质，包括：多种有机酸、肽类以及包括氮、磷、钾在内的丰富的营养元素。
复合肥料是指含有两种或两种以上营养元素的化肥，复合肥具有养分含量高、副成分少且物理性状好等优点，对于平衡施肥，提高肥料利用率，促进作物的高产稳产有着十分重要的作用。
扩展资料：
有机肥使用注意事项
首先，生物有机肥施入土层不易过深。因为生物有机肥是依靠其活性来分解有机质的，其活性必须在一定的温度、湿度、透气性、有机物质的条件下才能实现。而施入太深会影响生物肥活性。因此，生物有机肥以施在地表下10 到15厘米处为宜。
生物有机肥施用时也不宜与单一化肥混施。 单一化肥因其成分单一，且酸碱程度不同，如果大量施用，势必影响生物有机肥的生物活性。因此，生物有机肥最好单独施用。
生物有机肥与农家肥(生鸡粪)、磷酸二铵复合肥配比要合理 给瓜果施肥的原则施生物肥要优质，有机肥要腐熟，化肥要元素全(根据瓜果种类不同合理配比)。
在施用时应注意，生鸡粪盐过多，磷酸二铵磷过多(18个氮、 46个磷)，复合肥氮、磷、钾配比为15：15：15或16：16：16或17：17:17，如果选用时，一定要先计算，再配比，后施用。
参考资料来源：百度百科-有机肥
参考资料来源：百度百科-复合肥
有机肥：也被称为农家肥，它主要是用动物、植物的残体以及人和家畜的粪便沤成的，其含有大量的氮、磷、钾等元素，但是要充分腐熟后才能使用，否则有可能会导致烧根、烧苗。
复合肥：是指含有2种或2种以上营养元素的化肥，它具有养分含量高、副成分少、物理性状好等优点，对于促进作物的高产、稳产有着非常重要的作用。
一、有机肥和复合肥的区别
1、成分
（1）有机肥又称农家肥，主要是用人畜粪便、植物代谢体等腐熟沤制而成，属于纯天然的肥料。
（2）复合肥是指含2种或者2种以上营养元素的化肥，其中常含有氮、磷、肥这3种养分。
2、优点
（1）有机肥营养全面且肥效长，施用后能增加土壤中的有机质，促进微生物繁殖，还能改善土壤的理化性质和生物活性。
（2）复合肥具有养分含量高、副成分少且物理性状好等优点，能提高肥料利用率，促进作物高产、稳产。
二、有机肥和复合肥的使用方法
1、有机肥的使用方法
（1）有机肥可以在播种前作基肥施入，翻耕时撒入土中，一般夏季施入7天左右、秋季施入8-12天，冬、春季节施入15-20天后，有机肥才会开始施肥养分。
（2）有机肥可以在后茬作追肥施入，采用穴施或者条施的方法，将肥料与土壤充分搅拌均匀再施入。
2、复合肥的使用方法
（1）复合肥可以作基肥使用，一般亩用量为30-40千克，施入时需避免种子与肥料直接接触，肥料与种子需相距5-10厘米左右，以免造成肥害。需注意用复合肥作基肥使用时，追肥需根据不同作物的需肥规律，及时补充速效氮肥，以满足作物的营养需求。
（2）复合肥可以兑水使用，复合肥兑水充分溶解后，可以均匀的冲施在作物根部周围，在作物需肥高峰期可每隔10-15天使用一次。