限制人身自由处罚由公安机关行使。其他部门若行使限制人身自由的行政处罚权，属于越权行为。
根据相关法律规定，国务院或者经国务院授权的，省、自治区、直辖市人民政府可以决定一个行政机关行使有关行政机关的行政处罚权，但限制人身自由的行政处罚权只能由公安机关行使。
行政处罚由具有行政处罚权的行政机关在法定职权范围内实施。
限制人身自由的处罚由哪些部门决定
根据《中华人民共和国立法法》的规定限制人身自由的处罚只能制定法律，即只能由法律设定，行政法规、部门规章等均不可以。
《中华人民共和国立法法》第八条 下列事项只能制定法律：
(一)国家主权的事项；
(二)各级人民代表大会、人民政府、人民法院和人民检察院的产生、组织和职权；
(三)民族区域自治制度、特别行政区制度、基层群众自治制度；
(四)犯罪和刑罚；
(五)对公民政治权利的剥夺、限制人身自由的强制措施和处罚；
(六)税种的设立、税率的确定和税收征收管理等税收基本制度；
(七)对非国有财产的征收、征用；
(八)民事基本制度；
(九)基本经济制度以及财政、海关、金融和外贸的基本制度；
(十)诉讼和仲裁制度；
(十一)必须由全国人民代表大会及其常务委员会制定法律的其他事项。
《中华人民共和国立法法》第九条 本法第八条规定的事项尚未制定法律的，全国人民代表大会及其常务委员会有权作出决定，授权国务院可以根据实际需要，对其中的部分事项先制定行政法规，但是有关犯罪和刑罚、对公民政治权利的剥夺和限制人身自由的强制措施和处罚、司法制度等事项除外。
《行政处罚法》规定，“法律可以设定各种行政处罚。”这是法律自身所处法律地位所决定的。法律是由全国人大或者全国人大常委会通过法定的程序制定的行为规范。全国人大及其常委会是我国的最高权力机关，它制定的法律的效力是最高的，其法律效力高于行政法规、地方性法规或者规章。它是制定行政法规、地方性法规或者规章的依据，行政法规、地方性法规或者规章均不得与法律的规定相抵触。因此，法律可以设定各种行政处罚。法律可以设定行政处罚法规定种类中的全部行政处罚，具体讲是：警告；罚款；责令停产停业；暂扣或者吊销许可证、暂扣或者吊销执照；没收违法所得、没收非法财物；行政扣留以及其他行政处罚。
《行政处罚法》还明确规定了限制人身自由的行政处罚，只能由法律设定，这是法律的专有权力，行政法规或者地方性法规都无权规定限制人身自由的行政处罚。
处罚方式
一，根据《治安管理处罚法》的相关规定，在不构成犯罪的情况下，限制人身自由的处罚只有行政拘留，在存在有两种以上违反治安管理行为的，分别决定，合并执行。行政拘留处罚合并执行的，最长不超过二十日；公安机关应当及时将传唤的原因和处所通知被传唤人家属。
二、根据《刑事诉讼法》的相关规定，从犯罪嫌疑人被羁押之日，公检法机关穷尽所有法律程序，适用完毕所有法定期间，可以将犯罪嫌疑人羁押一年零六个半月。刑事拘留由公安机关决定执行；逮捕由检察院或者法院决定，并由公安机关执行；取保候审、监视居住公检法都有权力决定，由公安机关执行。