1、网上注册登记
初次申请认定的企业，需要在“国家高新技术企业认定管理工作网”和地方高新技术企业认定管理系统上进行注册。
2、网上申请
在注册的管理系统上按照要求填写上传《高新技术企业认定申请书》、《高企认定信息表》等相关资料信息。
3、进行初审当企业完成管理系统提交后，相关部门（通常是当地高企认定工作领导小组办公室）对申报书进行网上初步审查。
4、高企评审、认定及备案
通过网络系统提交资料后，材料会到达认定机构，企业需要将交纸质申报材料。认定机构会组织专家成立专家组进行审查，并根据评审意见进行综合评定。最终认定机构将会把认定企业名单报领导小组备案。
5、公告公示
认定备案的企业名单，由领导小组办公室在"高新技术企业认定管理工作网"公示。公示期间有异议的，可以提交书面材料到领导小组办公室后由认定机构核实处理。领导小组办公室可对相关报备的企业进行随机抽查，对于存在问题的企业也交由认定机构核实，并提出相关的处理建议。
6、下发证书
公示无异议结束后，将在“国家高新技术企业认定管理工作网”上公告认定结果，并由认定机构颁发“高新技术企业证书”。
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高新技术企业可以获得国家和省市的众多优惠政策，相信很多企业都想申请高企认定，那怎么申请呢？
第一步
企业根据《认定办法》和《工作指引》进行自我评价，初步判断是否达到认定条件的要求。
第二步
企业登录"高新技术企业认定管理工作网"（www.innocom.gov.cn），按要求填写《企业注册登记表》，并通过网络系统提交至认定机构。认定机构核对企业注册信息，在网络系统上确认激活后，企业可以开展后续申报工作。
第三步
企业登录"高新技术企业认定管理工作网"，按要求填写《高新技术企业认定申请书》 ，通过网络系统提交至认定机构，并向认定机构提交书面材料。
第四步
认定机构收到企业申报材料后，从专家库中抽取至少5名评审专家(其中技术专家不少于60%，并至少有1名财务专家) 组成专家组。进行审查
第五步
认定机构根据专家组评审意见，对申请企业申报材料进行综合评审（可视情况对部分企业进行实地核查） ，提出认定企业名单，报领导小组备案。
第六步
经认定报备的企业名单，由领导小组办公室在"高新技术企业认定管理工作网"公示10个工作日。有异议的，须以书面形式实名向领导小组办公室提出，由认定机构核实处理；领导小组办公室可对报备企业进行随机抽查，对存在问题的企业交由认定机构核实情况，提出处理建议。
第七步
经认定报备的企业名单，由领导小组办公室在"高新技术企业认定管理工作网"公示10个工作日。有异议的，须以书面形式实名向领导小组办公室提出，由认定机构核实处理；领导小组办公室可对报备企业进行随机抽查，对存在问题的企业交由认定机构核实情况，提出处理建议。
认定结构
各省、自治区、直辖市、计划单列市科技行政管理部门同本级财政、税务部门组成本地区高新技术企业认定管理机构简称认定机构。办公室设在省级、计划单列市科技行政主管部门。
书面材料
1.《高新技术企业认定申请书》 （在线打印并签名、加盖企业公章）；
2.企业营业执照等相关注册登记证件的复印件（加盖公章）；
3.知识产权相关材料（知识产权证书及反映技术水平的证明材料、参与制定标准情况等）、科研项目立项证明（省级（含计划单列市）以上科研项目立项证明，对已验收或结题项目需附验收或结题报告）、科技成果转化（总体情况与转化形式、应用成效的逐项说明）、研究开发组织管理（总体情况与五项指标符合情况的具体说明）等相关材料；
4.企业高新技术产品（服务）的关键技术和技术指标的具体说明，相关的生产批文、认证认可和资质证书、产品质量检验报告等材料；
5.企业职工总体情况说明与科技人员名单；
6.经具有资质并符合条件的中介机构出具的企业近三个会计年度（实际年限不足三年的按实际经营年限，下同）研究开发费用、近一个会计年度高新技术产品（服务）收入专项审计或鉴证报告，并附研究开发活动说明材料；
注：（企业自选符合以下条件的中介机构）
(1)具备独立执业资格，成立3年以上，近3年内无不良记录；
(2)承担认定工作当年具备执业资格（注册会计师、税务师）的人员占职工全年平均人数的比例不低于30%，全年月平均在职职工人数在20人以上；
7.经具有资质的中介机构鉴证的企业近三个会计年度的财务会计报告（包括会计报表、会计报表附注和财务情况说明书）；
8 .近三个会计年度企业所得税年度纳税申报表。
注：对涉密企业，须将申请认定高新技术企业的申报材料做脱密处理，确保涉密信息安全。
审查内容
审查内容主要包括以下三个方面：
合规性审查
审查企业的研究开发活动（项目）、年度财务会计报告和专项审计报告等是否符合《管理办法》和《工作指引》的要求；
独立评价
每名技术专家单独填写《高新技术企业认定技术专家评价表》，主要对企业知识产权、研究开发活动、主营业务、成果转化及高新技术产品（服务）等情况进行评价打分；每名财务专家单独填写《高新技术企业认定财务专家评价表》，参照中介机构提交的专项报告、企业的财务会计报告和纳税申报表等进行评价打分；
综合评价
在各评审专家独立评价的基础上，专家组长汇总各位专家分数，按分数平均值填写《高新技术企业认定专家组综合评价表》。
注：具备条件的地区可进行网络评审。
专家库及专家选取办法
1.认定机构应建立专家库（包括技术专家和财务专家），实行专家聘任制和动态管理，备选专家应不少于评审专家的3倍；
2.技术专家应具有高级技术职称，并具有《技术领域》内相关专业背景和实践经验，对该技术领域的发展及市场状况有较全面的了解；财务专家应具有相关高级技术职称，或从事相关工作10年以上并具备相关职业资格；
3.认定机构根据企业主营产品（服务）的核心技术所属技术领域从专家库中随机抽取专家组成专家组，并指定1名技术专家担任专家组组长 ，开展认定评审工作。
本回答被提问者采纳二、企业通过网络系统提交至认定机构。认定机构核对企业注册信息，在网络系统上确认激活后，企业可以开展后续申报工作。
三、企业登录"高新技术企业认定管理工作网"，按要求填写《高新技术企业认定申请书》，通过网络系统提交至认定机构，并向认定机构提交国家高新技术企业认定材料。
四、认定机构收到企业申报材料后，从专家库中抽取至少5名评审专家(其中技术专家不少于60%，并至少有1名财务专家)组成专家组。进行审查
五、认定机构根据专家组评审意见，对申请企业申报材料进行综合评审(可视情况对部分企业进行实地核查)，提出认定企业名单，报领导小组备案，报送时间不得晚于每年11月底。
六、经认定报备的企业名单，由领导小组办公室在"高新技术企业认定管理工作网"公示10个工作日。有异议的，须以书面形式实名向领导小组办公室提出，由认定机构核实处理;领导小组办公室可对报备企业进行随机抽查，对存在问题的企业交由认定机构核实情况，提出处理建议。