一、企业根据《认定办法》和《工作指引》进行自我评价，初步判断是否达到认定条件的要求。
二、企业登录"高新技术企业认定管理工作网"，按要求填写《企业注册登记表》，并通过网络系统提交至认定机构。认定机构核对企业注册信息，在网络系统上确认激活后，企业可以开展后续申报工作。
三、企业登录"高新技术企业认定管理工作网"，按要求填写《高新技术企业认定申请书》，通过网络系统提交至认定机构，并向认定机构提交书面材料：
1、认定机构
各省、自治区、直辖市、计划单列市科技行政管理部门同本级财政、税务部门组成本地区高新技术企业认定管理机构简称认定机构。办公室设在省级、计划单列市科技行政主管部门。
2、书面材料
（1）《高新技术企业认定申请书》（在线打印并签名、加盖企业公章）；
（2）企业营业执照等相关注册登记证件的复印件（加盖公章）；
（3）知识产权相关材料（知识产权证书及反映技术水平的证明材料、参与制定标准情况等）、科研项目立项证明（省级（含计划单列市）以上科研项目立项证明，对已验收或结题项目需附验收或结题报告）、科技成果转化（总体情况与转化形式、应用成效的逐项说明）、研究开发组织管理（总体情况与五项指标符合情况的具体说明）等相关材料；
（4）企业高新技术产品（服务）的关键技术和技术指标的具体说明，相关的生产批文、认证认可和资质证书、产品质量检验报告等材料；
（5）企业职工总体情况说明与科技人员名单；
（6）经具有资质并符合条件的中介机构出具的企业近三个会计年度（实际年限不足三年的按实际经营年限，下同）研究开发费用、近一个会计年度高新技术产品（服务）收入专项审计或鉴证报告，并附研究开发活动说明材料；
（7）经具有资质的中介机构鉴证的企业近三个会计年度的财务会计报告（包括会计报表、会计报表附注和财务情况说明书）；
（8）近三个会计年度企业所得税年度纳税申报表。
注：对涉密企业，须将申请认定高新技术企业的申报材料做脱密处理，确保涉密信息安全。
四、认定机构收到企业申报材料后，从专家库中抽取至少5名评审专家（其中技术专家不少于60%，并至少有1名财务专家）组成专家组进行审查。
五、认定机构根据专家组评审意见，对申请企业申报材料进行综合评审（可视情况对部分企业进行实地核查），提出认定企业名单，报领导小组备案，报送时间不得晚于每年11月底。
六、经认定报备的企业名单，由领导小组办公室在"高新技术企业认定管理工作网"公示15个工作日。有异议的，须以书面形式实名向领导小组办公室提出，由认定机构核实处理；领导小组办公室可对报备企业进行随机抽查，对存在问题的企业交由认定机构核实情况，提出处理建议。
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一、企业进行自我评价
企业在申请高新技术企业认定之前应认真阅读相关文件和认定标准，应对照《认定办法》进行客观自我评价。认为符合认定条件的，则可在“高新技术企业认定管理工作网”上进行企业注册登记。
二、网上进行注册登记
企业登录“高新技术企业认定管理工作网”（网址：www.innocom.gov.cn），按要求填写《企业注册登记表》，并通过网络系统提交至认定机构。认定机构核对企业注册信息，在网络系统上确认激活后，企业可以开展后续申报工作。
三、企业提交材料
企业登录“高新技术企业认定管理工作网”，按要求填写《高新技术企业认定申请书》（附件2），通过网络系统提交至认定机构，并向认定机构提交下列书面材料：
1.《高新技术企业认定申请书》（在线打印并签名、加盖企业公章）；
2.企业高新技术产品（服务）的关键技术和技术指标的具体说明，相关的生产批文、认证认可和资质证书、产品质量检验报告等材料；
3.证明企业依法成立的《营业执照》等相关注册登记证件的复印件；
4.企业职工和科技人员情况说明材料，包括在职、兼职和临时聘用人员人数、人员学历结构、科技人员名单及其工作岗位等；
5.经具有资质介机构出具的企业近三个会计年度（实际年限不足三年的按实际经营年限，下同）研究开发费用、近一个会计年度高新技术产品（服务）收入专项审计或鉴证报告，并附研究开发活动说明材料；
6.经具有资质的中介机构鉴证的企业近三个会计年度的财务会计报告（包括会计报表、会计报表附注和财务情况说明书）；
7.知识产权相关材料（知识产权证书及反映技术水平的证明材料、参与制定标准情况等）、科研项目立项证明（已验收或结题项目需附验收或结题报告）、科技成果转化（总体情况与转化形式、应用成效的逐项说明）、研究开发组织管理（总体情况与四项指标符合情况的具体说明）等相关材料；
8.近三个会计年度企业所得税年度纳税申报表（包括主表及附表），对涉密企业，须将申请认定高新技术企业的申报材料做脱密处理，确保涉密信息安全，申报表必须有主管税局加盖业务专用章。
四、专家评审
认定机构收到企业完整的申请材料后，组织专家审查，专家组长汇总各位专家分数，按分数平均值填写《高新技术企业认定专家组综合评价表》。具备条件的地区可进行网络评审。认定机构结合专家组评审意见，对申请企业申报材料进行综合审查（可视情况对部分企业进行实地核查），提出认定意见，确定认定高新技术企业名单，报领导小组办公室备案。
五、认定报备
认定机构结合专家组评审意见，对申请企业申报材料进行综合审查（可视情况对部分企业进行实地核查），提出认定意见，确定认定高新技术企业名单，报领导小组办公室备案，报送时间不得晚于每年11月底。
六、公示公告
经认定报备的企业名单，由领导小组办公室在“高新技术企业认定管理工作网”公示10个工作日。无异议的，予以备案，认定时间以公示时间为准，核发证书编号，并在“高新技术企业认定管理工作网”上公告企业名单，由认定机构向企业颁发统一印制的“高新技术企业证书”（加盖认定机构科技、财政、税务部门公章）；有异议的，须以书面形式实名向领导小组办公室提出，由认定机构核实处理。
领导小组办公室对报备企业可进行随机抽查，对存在问题的企业交由认定机构核实情况并提出处理建议。
如果企业没有经验或没有专人整理资料，可寻求第三方中介公司代理申报，可节约很多时间。
本回答被提问者和网友采纳高新企业认证申请流程大致分为三块。
一、前期准备
首先，不要急于去注册高新技术企业认定管理工作网，要先通过高新技术企业认定工作指引比照企业是否符合认定标准，对于企业的弱项，比如：知识产权不足等进行补充后再进行注册。
其次，企业对于各项资料的准备也可参考高新技术企业认定工作指引进行，如有疑问，可寻找专业人士进行准备。
最后，在各项材料准备基本完善的情况下注册高新技术企业认定管理工作网。
二、中期申报
注册成功后，按照高新技术企业认定管理工作网上需要的资料进行填写，大概分为七个模块。
1、企业基本情况；
2、知识产权概况；
3、人力资源状况；
4、企业研究开发活动情况；
5、企业年度研究开发费用结构明细表；
6、上年度高新技术产品（服务）情况；
7、企业创新能力；
三、等待评审、公示
根据要求网上填写完毕，到窗口递交纸质材料，等到技术、财务专家评分，网站进行结果公示，公示期内无异议，正式成为高新技术企业。
四、领取各项优惠
根据不同区税务局要求，带着高新技术企业证书及其他相关材料到税务局备案，在当年可享税收优惠，资金补贴的话，一般在第二年进行发放，具体等通知。
一、高新技术企业申请需要满足的条件:
1.企业申请认定时须注册成立一年以上;
2.企业要有与产品相关的下证知识产权(专利、软著、集成电路布图)(15项以上可获第一档分);
3.对企业主要产品(服务)属于《国家重点支持的高新技术领域》规定的范围(高新八大领域,其实只要有自己研发生产或者技术改进的企业都可以往领域里归);
4.企业从事研发和相关技术创新活动的科技人员占企业当年职工总数的比例不低于10%(企业科技人员是指直接从事研发和相关技术创新活动,以及专门从事上述活动的管理和提供直接技术服务的,累计实际工作时间再183天以上的人员,包括在职、兼职和临时聘用人员);
5.企业近三个会计年度(实际经营期不满三年的按实际经营时间计算,下同)的研究开发费用总额占同期销售收入总额的比例符合如下要求:(平时财务做账时就要把研发费单独归集,汇算清缴时要体现)
(1)最近一年销售收入小于5,000万元(含)的企业,比例不低于5%;
(2)最近一年销售收入在5,000万元至2亿元(含)的企业,比例不低于4%;
(3)最近一年销售收入在2亿元以上的企业,比例不低于3%.
6.近一年与知识产权相关的产品(服务)收入占企业同期总收入的比例不低于60%;
7.企业申请认定前一年内未发生重大安全、重大质量事故或严重环境违法行为.
二、高新技术企业申请认定流程:
1.企业申请
企业对照本办法进行自我评价;
2.专家评审
认定机构应在符合评审要求的专家中,随机抽取组成专家组;
3.审查认定
认定机构结合专家组评审意见,对申请企业进行综合审查,提出认定意见并报领导小组办公室.
三、高新技术企业申请认定所需材料:
1.高新技术企业认定申请书;
2.证明企业依法成立的相关注册登记证件;
3.审计报告;
4.知识产权相关材料;
5.科研项目立项证明、科技成果转化、研究开发的组织管理等相关材料;
6.企业高新技术产品或服务的关键技术和技术指标、生产批文、产品质量检验报告等相关材料;
7.公司获奖证明材料和相关资质证书等;
8.其他所需材料.