单行条例与自治条例的区别主要是看自治机关是否针对某一方面的具体问题而制定的，如果是，就是自治条例；如果不是，而是自治机关规定有关本地区实行的区域自治的基本组织原则、机构设置、自治机关的职权、工作制度及其他重大问题，就是自治条例。二者的共同点均为自治地方人大制定，需要报上级人大批准才能生效。
单行条例、自治条例与地方性法规有许多相似之处，例如都是地方人大制定，不得与法律相抵触。但单行条例、自治条例不属于地方性法规，我国《宪法》、《立法法》将此与地方性法规并列。
单行条例是指民族自治地方的人民代表大会在自治权的范围内，依法根据当地民族的特点，针对某一方面的具体问题而制定的法规。单行条例、自治条例可以依照当地民族的特点，对法律和行政法规的规定作出变通规定，要报上级人大批准后才能生效（地方法规不需要报上级人大批准，只需报上级人大备案）。
地方法规是地方人大制定的，地方规章是地方政府制定的，地方法规比地方规章效力要高。
自治条例通常规定有关本地区实行的区域自治的基本组织原则、机构设置、自治机关的职权、工作制度及其他重大问题。自治条例是民族自治地方实行民族区域自治的综合性的基本依据和活动准则。自治条例是指由民族自治地方的人民代表大会制定的、有关本地方实行区域自治的组织和活动原则、自治机关的构成和职权等内容的综合性的规范性文件。