法律法规不健全
相关领域和法律法规配套改革相对滞后，中国的预算法是1995年1月1日正式实施的《中华人民共和国预算法》，其诞生于市场经济体制构建初期，2008年中国的客观经济社会环境发生了很大的变化，在2000年实行部门预算改革后，这部预算法已不能全面指导预算工作。如部门预算编制的时间、细化程度、公开程度都无法可依。 预算编制制度不完善
首先，预算编制内容不够科学。财政部门提交的预算草案项目不细，预算报表所列科目级次过少，所列内容过粗，且没有比较详细的说明材料。政府向人大提交的预算不但普通人大代表难以看懂，即使是许多专业人士也不甚明了。这就会造成人大对政府的预算案“只决不议”的现象。为了确保预算在接受人大的审议时能够被看懂，并保证预算执行中稳定性，必须保证预算的详细和规范。这就要求预算编制部门明确细化预算调整的具体内容和对预算超收使用的管理规定，确保预算的严谨。
其次，预算编制缺乏完整性。长期以来，中国在财政分配中把财政性资金分为预算内预算外。这种双轨制运行既违背了预算的完整性原则，又削弱了财政的宏观调控能力。由于对预算外资金缺乏监督和制约，使预算外资金演变为部门利益甚至个人利益的小金库，成为蚕食公共利益的巨大黑洞。此外，中国预算的不完整性还表现在部门预算的编制上，由于中国目前的支出预算是按资金的性质归类编制，不同部门、单位的资金性质不同、来源渠道不同，于是各种资金如行政经费、科研经费、基建支出等分别由不同的职能部门分配和管理。这就使财政难以对一个预算单位的经费整体使用情况实施有效的监督和控制。加之预算编制较粗、管理水平不高、执行中随意性大、追加追减的情况时有发生。
再次，部门预算编制无标准。部门预算应严格遵循人员经费按编制、公用经费按定额、专项经费按论证的原则，使每项支出都建立在有可靠依据的基础上。但是目前部门预算的编制标准并无相关法律法规规定，很多部门编制预算时都以上年度的执行状况为基数，考虑本年度的因素，作适当调增，导致每年的收支以一定比例递增。
最后，实施部门预算改革与现有预算分配权的矛盾。中国现行的支出预算主要是根据支出性质进行编制和管理，而部门预算改革也是强调在不改变预算分配权的前提下进行。这就带来了难以克服的矛盾与困难。各部门的基本建设预算由计委负责，科研经费预算由科技部负责，行政单位的工资和经费预算由国家机关事务管理局负责，预算职能被肢解，财政对部门预算的控制十分困难。 预算审批中存在的问题
由于财政部门提交人大审查的预算草案过于粗疏，加之预算审查专业性、技术性很强，而目前各级人大预算审查专业人员匮乏，因此，人大很难对预算进行细致的审查。不仅如此，由于人大对预算案审查的时间过短，要在很短时间内完成对预算草案的实质审查往往不太现实。一年一度的各级人民代表大会会期一般不超过15天，而人代会要依法进行各项预定的议程，其中审查预算的时间最多不超过一天，地方的人代会由于会期较短，留给审查预算的时间甚至只有几个小时，因而代表们没有充裕的时间仔细查阅预算草案。多数代表在举手表决时其实并不知道政府预算的内容，更不用说对预算内容的真实性和合理性进行判断。这样造成人大对政府预算的审议走过场。政府的预算没有经过严格把关就生效并付诸实施，其结果是预算的执行和监督也同样失去意义，而且人大这种未尽职责的态度反过来助长了政府编制预算的随意性。 预算执行方面的不足
预算执行是整个预算工作程序的重要环节。预算执行包括收入入库、支出拨付以及预算调整等都必须按照法律法规要求的程序进行，非经法定程序不得擅自改变。《预算法》第9条规定：“经本级人民代表大会批准的预算，非经法定程序，不得改变。”但由于预算只是一个财政年度之初财政收支的预期，在预算执行的过程中要求预算的绝对不变是不现实的。《预算法》规定，如果在预算执行过程中遇到预算收入超收或短收情况时，政府应该提出追加或追减预算的调整计划，经相应的人大机关的批准，然后调整年度财政预算。但这一规定例来不被重视。在预算执行中，往往是地方财政预算才定好，国家部委又新出台了政策，财政支出变动性大，不确定因素多。而且地方政府对预算的调整比较频繁，预算资金调剂过于随意，预算与决算往往有很大差距。其原因直接缘于预算编制较粗，又缺乏科学论证，因而致使预算执行过程中经常发生追加追减现象。但其实更深层次的原因却在于预算执行者并没有预算即法的观念，没有认识到不严格遵行预算就是违法，而且在实践中不执行预算也不受法律的追究，所以预算的权威性和强制性就历来被人们所忽视。 预算监督方面存在的问题
中国人民代表大会期间审议政府预算的时间很短，只能对预算进行总体性和一般性的审查，最终监督流于形式。财政监督由于预算编制比较粗糙，预算指标不够具体，难以为预算监督提供确切依据，在客观上给预算监督造成了困难，又由于缺少行之有效的监督控制手段，导致预算监督不力。在预算执行过程中财政部门对收入和支出预算的执行情况均缺乏有效的跟踪监督，财政决算后也很少对收入和支出预算的完成情况进行认真的考核和评价；财政对一个预算单位的经费整体控制较差，部门预算外收支脱离财政监督的状况未能从根本上得到改变。
