产生有益于肠道菌群组成的变化，改善人体胃肠功能，恢复人体肠道菌群平衡，形成抗菌生物屏障，保持人体健康。乳酸菌在肠道中通过代谢产生乳酸，抑制有害细菌生长繁殖，刺激肠道运动，增加粪便含水量，润肠通便，对溃疡、腹泻、腹泻、便秘也有明显的治疗效果。抑制腐败菌的繁殖，清除腐败菌产生的毒素，清除肠道垃圾。可以抑制李斯特菌、葡萄球菌、名酒菌等腐败菌，抑制和消灭革兰氏阴性菌、过氧化氢酶阳性菌、大肠杆菌、沙门氏菌等。抑制胆固醇吸收、低脂、低血压效果。乳酸菌可以减少肠道对胆固醇的吸收，将部分胆固醇转化为胆酸盐，排出体外。
免疫调节作用，提高人体免疫力和抵抗力。活性乳酸菌可以通过人体内增殖抑制对人体有害的腐败菌和病原体，其代谢产生乳酸和有效代谢物(抗菌物质、维生素等)，乳酸菌本身也有提高免疫力的作用。抗肿瘤、癌症预防效果。乳酸菌能吸收98%引起致癌的肠中亚硝胺，减少肠癌的发生。乳酸菌还可以刺激肠黏膜淋巴结，增加免疫细胞和巨噬细胞的活性，为致病细菌的入侵和繁殖设置障碍。提高SOD酶活力，消除人体自由基，具有抗衰老、长寿的作用。有效预防女性泌尿生殖系统细菌感染。控制人体内毒素水平，保护肝脏，提高肝脏解毒、排毒功能。
乳酸菌饮料，以水为主要成分，其次是糖，牛奶含量少，饮料，还加上食品添加剂。另外，只有“活性乳酸菌饮料”含有活乳酸菌，其他类型的乳酸菌饮料则不然。
酸奶的主要原料是牛奶(或奶粉)、乳酸菌发酵剂和糖，一般没有水，食品添加剂也很少。其中蛋白质含量大于2.5%，相当于纯奶的2.8%，远远高于乳酸菌饮料的0.7%。酸奶中还含有很多活的乳酸菌，长期饮用对肠道健康有好处。乳酸菌饮料只有在低温保存的情况下才含有活性乳酸菌。另外，酸奶中的钙和维生素含量远高于乳酸菌饮料，高于牛奶，其中乳酸也能很好地促进钙吸收，是补钙的好来源之一。因此酸奶适合每天饮用，乳酸菌能量高，营养素密度低，不适合每天饮用。