1、明孝陵选址布局之谜
去过明孝陵的朋友如果细心观察，就会发现，明孝陵的神道蜿蜒曲折，跟以往朝代任何一个皇陵的神道笔直大气截然不同，为什么要如此构建?历史上诸多说法，后人伤透脑筋。
直到近年专家在航拍明孝陵时才发现端倪，原来整个皇陵的布局居然是北斗七星!而为什么要如此呢，据说朱元璋农民出身，睥睨天下，在为明孝陵选址时曾带着精通堪舆术的刘基，以及徐达、汤和等一班开国朝臣，到东郊钟山一带“寻龙点穴”。
反复勘察后，几人各自把相中的风水宝地写于纸条藏在袖里，亮出来时，竟然都是“独龙阜”。按说选址既定，按照旧例建造即可，但朱元璋大手一挥，“让孙权给我看门吧”。
于是独龙阜一带包括大墓小冢在内的名胜古迹，统统被挖毁了，只有吴大帝孙权墓被保留在明孝陵弯弯曲曲的神道门口，皇陵的布局也因此被塑造成了北斗七星!
“下马坊”、“大金门”、“望柱”、“棂星门”、“五龙桥”、“享殿”、“宝城”分别构成了北斗七星的“勺头”、“勺身”和“勺柄”。看来朱元璋深信“魂归北斗”、“天人合一”，他死后仍想乘坐“北斗”这一“天帝之车”关照大明江山。
2、朱元璋有没有葬在地宫之内
传说，朱元璋下葬时，搞了一个“迷魂阵”，当天，十三城门同时出棺，让人不知道到底哪一个是真正的棺椁所在;南京过去有个民谣：“南京有三怪，龙潭的姑娘像老太，萝卜当作小菜卖，十三个城门抬棺材。”
随后不久就有被传出朱元璋真身独葬在城西的朝天宫内，之后明清两朝对于朱元璋葬于孝陵的说法一直持怀疑态度;但真相如何，恐怕就只有等挖掘那天才能得知了。
3、明孝陵地宫有没有被盗过
作为中国明陵之首的明孝陵壮观宏伟，代表了明初建筑和石刻艺术的最高成就，直接影响了明清两代500多年帝王陵寝的形制。那么如此伟大的一座皇陵，盗墓贼怎么会放过呢?
漫长的明清两朝民间一直都有传说明孝陵的地宫曾经被盗，甚至在建国后有一段时期紫金山山麓附近都盗洞连连，反而是我们的考古工作者，直到2000年左右才发现墓道入口所在，不由得不让人担心地宫的安全与否。
近些年来，专家学者们通过精密磁测技术配合地面调查研究，确认了地宫的具体位置，并宣称地宫完好无损，并未被盗，不过事实如何，只有待真是考察后才能得知。
4、陪葬嫔妃安于何处
朱元璋一生残暴，死后也不例外;朱元璋死时，殉葬嫔妃达40余人，这些陪葬嫔妃葬于何处?历史没有任何记载。
1937年在孝陵东侧紫霞湖旁边发现一座明代古墓，墓高3米，分内外二室，但室内空无一物。1976年在孝陵西侧山麓，发现一座明代砖砌骨灰墓葬，出土的金首饰中有一印有“匠作局”的金镯。
这两座墓是否是先于朱元璋去世的的成穆贵妃孙氏、淑妃孙氏，有待考证。1998年，文物工作者在陵宫西侧百米处的中山植物园内发现一批大型柱础和少量刻有云纹的石刻。
后又钻探此处建筑遗迹和周边相关遗迹，发现此处很有可能就是嫔妃墓所在。但在没有更多证据出土之前，依然还是一个谜团。