明太祖朱元璋在位时,将儿孙分封各地为藩王,藩王势力日益膨胀。由于太子朱标早逝,洪武三十一年,皇孙朱允炆继位,成为建文帝。建文帝与齐泰、黄子澄等人采取了一系列的削藩措施。同时,也在北平周围和城内部署兵力,以防边之名,将明太祖第四子燕王朱棣的护卫精兵调出塞外,准备削除燕王。
在朱棣称帝后,建文四年六月十八日恢复周王朱者和齐王朱者的爵位。其后,王朱桂、岷王朱路又恢复为爵。“永乐元年”正月,明成祖令周、齐、代、贡四王归藩。6月26日,成祖取消建文帝之父朱标的兴宗庙,重新称太子妃;七月十二日,成祖将朱允炆的三个弟弟改为郡王;十一月将朱文帝改为庶子朱标,并将其改为庶子。为使国务事务有效率,朱棣令、黄淮等人于建文四年八月初六,朱棣令黄淮、黄淮入直文渊阁。后来扩大到7个内阁。从那时起,内阁在明朝政治中起着越来越重要的作用,清王朝仍然沿用。
由于朱棣造反,对大臣有所怀疑,因此恢复了洪武废除的锦衣卫,重新开始实行明朝的特务统治。后来,1420年,朱棣又在永乐十八年设立东厂,使亲信太监掌权,加强对宦官的统治,提高宦官的地位。在近代,特务统治几乎贯穿于整个社会,成为一大特征。在洪武年间,北方的防御多由几个边王掌管,在靖难后,朱棣文诸边王于内地,导致华北地区的防务空虚;又因为有唐朝之守外,朱棣、朱权等边王负责,所以朱棣命诸边王于内地,造成华北地区的国防空虚;而在此期间,则是为了解决这一问题。另外,由于南京的建文帝影响更大,从政治上考虑,作为朱棣据点的北平更适合做帝都。经过多方考虑,朱棣决定迁都北京。