交通运输工程专业大学排名中，清华大学、同济大学、东南大学位列前三。
交通运输工程专业是一门综合性较强的学科，涉及到土木工程、车辆工程、管理科学等多个领域。因此，排名靠前的大学通常都拥有较为完善的学科体系和较高的科研水平。
清华大学作为我国的顶尖学府之一，其交通运输工程专业也一直处于国内领先地位。该校的交通运输工程学科涵盖了交通规划、交通设计、交通管理等多个方向，具有较强的科研实力和丰富的实践经验。
同济大学也是交通运输工程领域的佼佼者，该校的交通运输工程学院是我国最早成立的交通运输工程学院之一，拥有一批优秀的教师和科研团队，科研成果丰硕。
东南大学在交通运输工程领域也有着不俗的实力，该校的交通运输工程专业以培养创新型和实践型人才为目标，注重实践教学和科研实践，为学生提供了良好的学习和发展环境。
综上所述，清华大学、同济大学、东南大学的交通运输工程专业在学科体系、科研实力、教学质量等方面都有着较高的水平，因此排名靠前。