1、第1集云霄飞车杀人事件（黑衣组织—琴酒、伏特加出场，工藤新一喝下APTX4869变小。大幕拉开，柯南登场）
2、第2集董事长千金诱拐事件（阿笠博士知道其身份，工藤新一化名为江户川柯南）
3、第13集奇怪的寻亲杀人事件（宫野明美初登场）
4、第43集江户川柯南诱拐事件（父母知道变小）
5、第48集外交官杀人事件（上集）
6、第49集外交官杀人事件（下集）（服部平次登场，工藤新一第一次恢复）
7、第54集电玩公司杀人事件（龙舌兰出现，被炸死）
8、第57集福尔摩斯迷杀人事件（上集）
9、第58集福尔摩斯迷杀人事件（下集）（平次知道身份）
10、第128集黑暗组织10亿抢劫事件（宫野明美死亡，黑衣组织浮出水面）
11、第129集来自黑暗组织的女子大学教授杀人事件（灰原哀出场）
12、第130集竞技场无差别胁迫事件（前篇）（灰原说出了工藤新一与组织在半个世纪前就有了关系）
13、第170集黑暗之中的死角（上集）（重要人物新出医生登场）
14、第171集黑暗之中的死角（下集）
15、第176集与黑暗组织的再会（灰原篇）（皮斯克出场）
16、第177集与黑暗组织的再会（柯南篇）（宫野志保第一次恢复）
17、第178集与黑暗组织的再会（解决篇）（皮斯克被琴酒灭口，贝尔摩德出场）
18、第188集性命交关的复活－洞窟内的侦探团
19、第189集危命的复活＿负伤的名侦探
20、第190集危命的复活＿第三种选择（工藤新一第二次恢复）
21、第191集危命的复活＿黑衣骑士
剧情简介
高中生侦探工藤新一和青梅竹马的同学毛利兰一同去游乐园玩的时候，目击了黑衣男子的可疑交易现场。只顾偷看交易的工藤新一，却忽略了从背后接近的另一名同伙。他被那名男子灌下了毒药，当他醒来时，身体居然缩小了！
如果让那些家伙知道工藤新一还活着的话，不仅性命难保，还会危及身边的人。在阿笠博士的建议下他决定隐瞒身份，在被小兰问及名字时，化名江户川柯南，为了搜集那些家伙的情报，寄住在父亲以侦探为业的小兰家中。
谜团重重的黑衣组织……他所了解的，就只有他们是以酒的名称作为代号的。为了揭露那些家伙的真面目，小小侦探江户川柯南开始大显身手！