目前离重庆西南医院最近的火车站是菜园坝火车站，但只办理川黔铁路、成渝铁路的客运业务，以及T10（重庆至北京）、T222（重庆至拉萨）等。在西南医院东门（芳草地站）乘公交车429路可直达（在水果市场站下车即为菜园坝火车站）。
西南医院到龙头寺火车站比到菜园坝火车站远，但重庆的大部分火车线路都在那里发车。龙头寺火车站的公交站场至西南医院亦有公交直达，一为270路，在西南医院站（高滩岩）下车；一为166路，在芳草地站（西南医院东门）下车。
原本沙坪坝火车站距西南医院最近，但目前该站正在封闭施工改建。预计三年后重新启用，将成为成渝客运专线站点和轨道换乘站。
另：据说菜园坝火车站也将于2012年底封闭施工。
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