武藏 钻石珍珠篇结尾安排）：
以下神奇宝贝都是武藏在神奥地方经常使用的神奇宝贝。因为火箭队三人组在黑白篇中接收到阪木的特别任务，暗中调查合众地方的秘密组织（等离子队），且以下神奇宝贝都在合众地方较为罕见，为了不暴露身份，它们全部被寄放在了火箭队本部，至于以后能否再度出场仍是未知数。 ◆果然翁（EP第147集） 属性：超能力 特性：影子游戏 技能：返拳、表面涂层 武藏不小心用大舌头与阿德的果然翁交换而得到的神奇宝贝。
当武藏得知它不能主动攻击的时候几乎发疯。平常没事喜欢自己跑出神奇宝贝球，总是在火箭队说完一段话以后跑出来喊『SO～NANSU』（意思是果然是这样），在火箭队说完登场台词后喊『SO～NANSU』，也会在火箭队高呼“好讨厌的感觉”后喊一声。不过这只果然翁智商很高，可以判断何时使出反弹的绝招。 算是火箭队中的搞笑角色。随着剧情的发展，它也变成火箭队的主要角色之一。具体还请各位自己去观看发现了。 ◆饭匙蛇（AG第008集） 属性：毒 特性：脱皮 技能：绑紧、黑雾、毒尾、咬咬 饭匙蛇
这只饭匙蛇的贪吃让武藏恨得牙痒痒，原本一开始想尽办法要抓它，但由于它的聪明和好运使得计划频频失败。当武藏改采正面对战时，饭匙蛇却吃了她偷藏的饭团还不小心扯断她的长发。武藏极度愤怒地对它使出必杀的疯狂乱抓与百万吨飞腿。在小次郎与喵喵的点醒下才收服它。 出镜率较高，成为武藏最爱派的神奇宝贝。在DP072毒粉蝶离去之后，成为武藏在神奥地方的华丽大赛常使用的神奇宝贝。 ◆阳阳玛（DP第080集）→梅卡阳玛（DP第080集） 属性：虫+飞行 特性：加速 技能：音爆、翅膀攻击、钢翼、银色旋风、原始之力 DP080收服，DP080进化，武藏在别人打倒阳阳玛时，抢先丢出了球收服（当着小智的面，真令人惊奇）。 梅卡阳玛
原来准备送给火箭队老大，可是老大以前早就大量捕捉过，所以根本不在乎，又送了回来，武藏他们还感动的要死，并且在阳阳玛使用完原始力量进化时，还以为是老大让它学会的原始之力（原本就会）。后来成为武藏在神奥地方的华丽大赛常使用的神奇宝贝。
小次郎 DP54.菜种与沙漠奈亚！再见是为了谁！（小次郎的沙漠奈亚离队）
AG147.魔尼尼登场！休息之馆！（小次郎的风铃铃离队，同时得到魔尼尼）
主条目：神奇宝贝钻石与珍珠（Pokémon Diamond & Pearl） 神奇宝贝动画的第三个系列，对应游戏第四世代。对战开拓区篇结束后，小遥为了独自挑战城都地区的华丽大赛和小智告别，小胜回到了橙华道馆。小智则受到了小茂的鼓励，独自带着皮卡丘和偷渡的长尾怪手前往神奥地区开始新的挑战。 钻石&珍珠系列中，一起旅行的主人公分别为小智，新人协调训练家小光，以及神奇宝贝培育家小刚。和超世代系列一样，小智和小刚都以新装登场。三人一同结伴旅行，展开了新的旅程。剧情的设定比之前更加深入。关于小智的道馆挑战和小光的华丽大赛的集数要比之前的系列更多，也有了更多的相会与别离，更多的劲敌和伙伴。本系列是目前地区篇中最长的。 在钻石&珍珠当中推出了两集总集篇，这两集其实日方是没有计入总集数的（照此方法计算实为189集），所以集数方面会和官方有所出入。
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