京东商城的物流模式主要有两种：自建物流体系与自建体系+
第三方物流相结合。
（1），自建物流体系
2009年，京东网上商城陆续在天津、苏州、杭州、南京、深圳、宁波、无锡、济南等23座重点城市建立了城市配送站，最终，配送站将覆盖全国200座城市，均由自建快递公司提供物流配送、货到付款、移动POS刷卡、上门取换件等服务。此外，京、沪、粤三地仓储中心也已扩容至8万平方米，仓储
吞吐量全面提升。
目前，分布在华北、华东、华南的三大物流中心覆盖了全国各大城市。2009年3月，京东网上商城斥资2000万元人民币成立了上海圆迈快递公司，上海及
华东地区乃至全国的物流配送速度、
服务质量得以全面提升。
2010年4月初，京东商城在北京等城市率先推出“211限时达”配送服务。2010年5月15日在上海
嘉定占地200亩的京东商城“华东物流仓储中心”内，投资上千万的自动传送带已投入使用。工人们手持PDA，开着小型叉车在数万平方米的仓库内调配商品。这是京东迄今为止最大的仓储中心，承担了一半销售额的物流配送，也是公司将融到的2100万美元的70%投放到物流建设的结果。在这里，京东每日能正常处理2.5万个订单，日订单处理能力达到5万单。在此基础上，公司计划2011年在嘉定建成一座15万至18万平方米的超大型仓储中心，其规模将是鸟巢的8倍。
（2）自建体系+第三方物流相结合
虽说京东商城2010年获得了100亿元的销售额，可其主要业务阵营仍局限于北京、上海、广州等经济发达城市。随着互联网应用的深入，京东业务阵营已经扩展到
二级城市或三级城市。可是，如果在全国每个二级城市都建立自己的物流或运输公司，成本至少要在数百亿。更何况，现在二级城市的利润不足以维持物流中心的运营。