显性物流成本核算步骤为：选取会计科目、设置物流成本辅助账户、计算物流成本。
1、选取会计科目
计算显性物流成本必须依赖于现行会计核算体系，完整、准确的会计核算资料尤其是成本核算资料是物流成本计算的基础。从纷繁复杂的会计信息中获取物流成本信息，无论是在期中与会计核算同步进行还是在期末单独进行，均需找到计算物流成本的切入点。
企业在计算物流成本时，应选取成本费用类会计科目计算。对生产制造企业而言，成本费用类会计科目主要包括管理费用、销售费用、财务费用、生产成本、制造费用、其他业务支出、营业外支出等科目。
2、设置物流成本辅助账户
计算物流成本往往需要设置物流成本辅助账户，具体要设置哪些账户，主要取决于物流成本计算对象的选取和物流成本管理的要求。从物流成本构成的角度看，物流成本计算对象主要包括三维，即物流成本项目、物流范围和物流成本支付形态。
以“物流成本”作为一级账户；在“物流成本”账户下，按物流成本项目设置运输成本、仓储成本、包装成本、装卸搬运成本、流通加工成本、物流信息成本、物流管理成本、流动资金占用成本、存货风险成本、存货保险成本等二级账户。
按物流范围设置供应物流、企业内物流、销售物流、回收物流和废弃物物流等三级账户；按支付形态设置自营和委托物流成本四级账户；对于自营物流成本，还应按费用支付形态设置材料费、人工费、维护费、一般经费、特别经费费用专栏。
3、计算物流成本
在设置物流成本辅助账户，明确应选取会计科目的基础上，企业物流成本计算人员通过逐一分析各相关会计科目，明确哪些费用支出应计入物流成本。
对于应记入物流成本的内容，可根据本企业实际情况，选择在期中与会计核算同步登记物流成本辅助账户，或在期末（月末、季末、年末）集中归集计算物流成本，分别反映出按物流成本项目、物流范围和物流成本支付形态作为归集动因的物流成本数额。