首先，要发挥民间力量，即“重民间轻官方”。受岛内政治环境的变化，两岸直接介入推动两岸经济合作的可能性降低，至多是单方面的政策调整，无法相互协商与协调，这就需要量充分发挥民间在两岸经济合作中的角色与力量。一是要发挥国共协商沟通机制，通过国民党与大陆的良好关系，为两岸民间经济合作提供协助。二是通过两岸民间经济组织举办两岸各类经济合作论坛，创造两岸企业合作的信息与机会。三是鼓励两岸企业签署民间性经济合作协议。
其次，要发挥市场的作用，就是“重市场轻政府”。在两岸经济关系发展进程中，市场一直发挥着极为重要的作用。台湾当局的大陆经贸政策开放，基本上都是在市场压力与经济需要之下被迫开放，是被市场逼着开放，客观上促进了两岸经贸关系的发展。未来两岸经济合作应努力发挥市场的引导、调节作用，甚至在一定程度上促进当局调整政策，为两岸经济合作创造条件。
再次，要挥地方政府的功能与作用，即“重地方”。两岸地方性经济合作受政治因素影响较小，可让地方政府走到台前，在相关规定框架下主导与推进两岸经济合作，由两岸地方政府尤其是大陆地方政府组织更多的两岸经济合作交流会、展销会与座谈会等，充分发挥各类经济园区的特殊政策功能，签署地方性经济合作协议，促进两岸经济合作。
第四，要发挥法治的作用。在两岸经济合作过程中，不论是企业，还是地方政府，或民间组织，要适应新时代，适应“以法治国”或“以法治理”的时代精神，遵守海峡两岸的有关法规，严格依法办事，可以避免过去人为项目或政策承诺，避免产生严重的经济合作后遗症，可以保证两岸经济合作的良好秩序，减少纠纷与矛盾。当两岸经济合作纠纷发生时，尽可能通过行政诉讼或仲裁等法律手段解决。
第五，要发挥台商的作用。台商对两岸经济发展、两岸经济政策、市场、营商环境与商机最了解，是促进两岸经济合作的重要桥梁。同时，台商在海峡两岸有广泛的人脉关系、商业关系，而且有强大的组织团队力量，可以在两岸关系陷入僵局情况下发挥重要的协调、促进作用。
第六，要发挥两岸经济合作中大陆主体市场的作用。在两岸经济合作中，由于台湾当局的政策限制，在岛内经济合作比较困难，民进党执政后变得更加困难，大陆企业入岛投资、入股、并购等经营活动受到很大限制，日前台湾经济主管部门又再次否决了大陆企业对台投资案。在这样的形势下，鼓励两岸企业将经济合作的场域与重心放在大陆，开展更大范围、多层次、宽领域的合作。
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