如果您在发票认证过程中勾选了错误的自产农产品，可以按照以下步骤进行撤回：
首先，进入【待处理农产品发票】-【自产农产品发票】模块。在此模块中，您需要录入“开票日期起”、“开票日期止”以及“是否处理”这三个必录查询条件。点击【查询】按钮后，系统会显示符合条件的发票列表。根据实际情况选择相应的“类型”，然后点击【提交】按钮完成操作。
如果您发现某张发票已经错误地被勾选为“不抵扣”，您可以在该发票的勾选记录中找到并选中它。接着，点击下方的【撤销勾选】按钮。在弹出的撤销勾选提示框中，选择【继续提交】按钮，即可成功撤销该发票的勾选操作。
对于从小规模纳税人处购进的3%农产品专票，您可以进入【待处理农产品发票】-【从小规模处购进的3%农产品专票】模块进行处理。处理完成后，再前往【抵扣勾选】模块对该发票进行勾选。