首次办理须本人至当地的出入境管理处提交申请，申请材料有：居民身份证及复印件（用A4纸复印，可复印在同一张纸上）以及填写《中国公民出入境证件申请表》，2寸淡底色彩照2张（也可现场拍照，费用自付），同时分别申请赴香港、澳门的签注。
只去香港则申请香港签注，只去澳门则申请澳门签注，如果香港、澳门都去，则两地签注都要申请。
1、续签
本人凭身份证及有效的《往来港澳通行证》办理，也可代办，代办人需携带身份证。不同城市对加签可能有特殊规定，具体咨询户籍所在地出入境管理处，少数城市可以邮寄续签，如江苏连云港市。
办理时限：自受理之日起7个工作日。费用：一次往来签注每个15元；二次往来签注每个30元。《往来港澳通行证》有效期不足6个月（部分城市是3个月）的或无足够空白签注页的不能办理，须按首次申请手续办理新的《往来港澳通行证》，同时申请签注。
2、代办
若是首次申请办理港澳通行证需要携带本人身份证以及照片；若非首次申请，则需带好本人身份证及前一次办理的通行证，如请人代办还需携带代办人身份证。
3、过期
《港澳通行证》过期，需要本人亲自到户口所在地的县（区）级以上的公安局出入境管理部门办理换证手续，或者直接在当地网上公安局官网申请预约，预约后在当地办理换证手续，需要携带的资料和相关手续跟第一次办理时是一样的。
4、赴澳工作
澳门雇主可自行指定或委托有澳门劳务经营权的劳务公司在内地招聘（招聘者应签订招聘合同）。劳务公司将录取人员的有关资料（如照片、身份证副本等）报入澳门治安警察局出入境事务厅核实、批复。通过后由雇主再将赴澳人员的资料报入澳门劳工事务局，提出输入外劳申请。
雇主赁批件与劳务公司签订合同，劳务公司凭批件及合同报北京对外贸易经济合作部国外经济合作司申请输澳批文。赴澳劳务人员在十天内自选在户口所在地办理有关证件所需资料。
赴澳劳务人员将证件资料及费用（包括劳务押金及证件费等）交回劳务公司，由劳务公司向地方国务院港澳办交流司办理赴港澳特别行政区通行证。（需时约十五天）通行证办出来后由劳务公司统一安排时间培训、出境。
到澳后，由雇主带领或自行到澳门治安警察局出入境事务厅办理外地雇员身份认别证（简称《外地雇员证》）的手续后方可工作。
注意事项
1、根据《中华人民共和国出境入境管理法》的规定，经国务院批准，公安机关出入境管理部门对首次申请电子往来港澳通行证的16周岁以上（含）的申请人将采集或核验指纹，对16周岁以下的申请人是否采集指纹根据其监护人的意见确定。留存指纹后，符合条件的持证人在通关时可以使用内地和港澳地区口岸的自助查验通道。
2、对于希望使用港澳地区自助查验通道的申请人，只需在申请证件时签署《电子往来港澳通行证持证人免登记使用港澳地区自助查验通道声明》（未满16周岁的由监护人签署），无须事先向港澳地区主管部门登记备案指纹信息，实现一次备案、三地自助通关。
为确保持证人指纹信息安全，内地和港澳地区主管部门均建立了严密的管理制度，并采用多种技术保护措施，芯片中存储的持证人指纹模板信息无法被还原为原始指纹图像，只能用作判别人证同一性的依据。
参考资料来源：百度百科-通行证
参考资料来源：百度百科-中华人民共和国往来港澳通行证