努尔哈赤死后，他的第八个儿子皇太极即位为后金大汗。袁崇焕得知努尔哈赤重伤死去的消息后，为了探听后金军有什么动静，就派了使者到沈阳去吊丧。皇太极接待了袁崇焕的使者，同时还派出使者到宁远表示答谢。其实皇太极恨透了袁崇焕，但因后金军刚打了败仗，损失惨重，自己还需要一段时间休整，不能马上与袁崇焕交战，同时他也想从使者那里试探到明朝的态度，所以不得不这样做。双方表面上和平相处，风平浪静，背地里却各有各的打算，加紧备战。
皇太极迫不及待，第二年（1627年）就亲率后金军进犯明军。他兵分三路，包围锦州城。袁崇焕料定他醉翁之意不在酒，是想闹得锦州吃紧，明军派出大批兵力增援，只要宁远城一空，他就好来夺取宁远。
于是他决定自己留守宁远，留下大部分兵力，只派4000骑兵救援锦州。果然不出所料，援兵还没出发，皇太极已分兵来攻打宁远了。袁崇焕登上城楼，亲自督战，命令用大炮猛烈轰击，正好城外明军援军也已赶到，内外夹击，把后金军赶跑了。
皇太极在宁远吃了败仗，又回攻锦州，但锦州防守森严，后金军士气低落．皇太极无心再战，只好退兵。
袁崇焕打败了皇太极，捷报传到京城，魏忠贤却把功劳记在自己头上，反过来责备袁崇焕不亲自去救锦州，这是辽东军事总指挥的失职。袁崇焕守卫宁远，不顾安危，屡立战功，得到的报答却是指责，他知道魏忠贤这老贼又在存心跟自己过不去，被迫辞了职。
昏庸的明熹宗统治不过7年，7年中，整个朝政被他弄得乌七八糟，1627年，他终于死去了。明熹宗死后，他的弟弟朱由检即位，这就是明思宗，其年号为崇祯，历史上都称之为崇祯帝。魏忠贤作恶太多，民愤极大，崇祯帝也早就对他看不顺眼，他一即位，就革了魏忠贤的职，公布了他的罪状，把他充军到安徽凤阳。魏忠贤知道自己作恶太多，便在半路上自杀了。
魏忠贤死后，崇祯帝又惩办了一批阉党，给被魏忠贤陷害冤死的杨涟、左光斗等忠臣平反昭雪。崇祯帝想重振朝纲，做一番大事业。大臣们纷纷上奏，请求重新起用袁崇焕，崇祯帝接受了大臣们的意见，不仅把袁崇焕召回朝廷，还提拔他为兵部尚书，让他直接负责河北、辽东的军事指挥。崇祯帝召见袁崇焕，问他如何计划，袁崇焕蛮有把握地说：“只要皇上给了我指挥权，朝廷各部门再互相协助配合，不超过5年，就能使辽东得到恢复。”崇祯帝听了很高兴，十分赞赏袁崇焕的魄力，赐给袁崇焕一口尚方宝剑，让他有权处理一切事务，也可以先斩后奏。
袁崇焕再次来到宁远，带着雄心壮志，准备一步步地实现他的计划。他挑选将士，整顿队伍，严明军纪，积极备战。这时候有个大将叫毛文龙，为保存实力，贻误战机，还虚报军功，不服从命令，袁崇焕以军法从事，没报朝廷，就用尚方宝剑把他给斩了。
皇太极败给袁崇焕以后，怎么也不罢休，他知道宁远和锦州防守严密，硬去拼还会吃大亏，于是决定来个声东击西，打袁崇焕一个措手不及。
1629年10月，皇太极亲率几十万后金军，从龙井关到大安口（今河北遵化北）绕到河北，直捣北京城，抄袁崇焕的后路。
皇太极绕道偷袭北京城，袁崇焕怎么也没料想到。袁崇焕得到消息后，就赶快出兵，想半路上拦住后金军，但由于得到情报太晚，已经来不及了。后金军很快就到了北京郊外。袁崇焕心急如焚，日夜兼程，两天后到了北京，没有顾得上休息，就和后金军交战了，其他各路明军也赶来救援。
后金军突然进攻北京，大家都没有料到，一点思想准备也没有，全城都受到震动，人心惶惶，一片混乱。崇祯帝也急得没有了主张，听说袁崇焕已带兵赶到京城与后金军展开激烈的战斗，才算吃了颗定心丸。
后金军被打退以后，崇祯帝亲自召见袁崇焕，给予慰劳奖赏。魏忠贤的余党却在背后散布谣言，说后金军攻打北京是袁崇焕搞的阴谋，一定是他把后金军招引来的。崇祯帝本来就好犯疑心病，听到别人这么一说，倒真的猜疑起来。恰好又有一个被俘的太监从后金军营逃回来，向崇祯帝报告说：“袁崇焕早与皇太极暗中勾结，订了密约，要出卖京城。”这个消息犹如晴天霹雳，崇祯帝大为震惊，他本希望别人传说的是假的，但这个太监是从后金军营里逃出来的，他的话就是铁证。
可这太监又是怎么得知袁崇焕与皇太极有密约呢？原来，后金军俘虏了两个明朝的太监，一直关在军营里。有一天晚上，那个姓杨的太监睡到半夜，被叽叽喳喳的说话声吵醒，只听外面有两个金兵在谈话。
一个说：“今天我们为什么临阵退兵？”
另一个说：“不知道。”
一个说：“那是我们皇上和明朝袁将军安排好的。”
另一个问：“你怎么知道的？”
一个又说：“刚才我看见皇上独自骑马朝明营去了，不一会儿，明营也有两人骑马朝皇上迎来，他们谈了好半天，听说那两个人是袁将军派来的，他跟皇上已有密约，北京……我们很快就会成功的。”
后金军向北京发兵的时候，有意留下空隙让姓杨的太监逃走。杨太监以为自己是好不容易才逃离虎口，就赶快跑到皇宫，把他听到的消息报告给崇祯帝，却不知道这一切都是皇太极有意安排的。
疑心重、没头脑的崇祯帝，还真的中了皇太极的奸计，他立刻召袁崇焕进宫。袁崇焕不知何事，连忙赶到宫里。
崇祯帝拉着脸，劈头就问：“袁崇焕，你为什么自作主张把大将毛文龙杀了？为什么后金军到了京城，却迟迟不见你的援兵？”崇祯帝突如其来地问起这些话，不禁把袁崇焕给弄怔住了，等他醒悟过来想做解释的时候，崇祯帝已命令锦衣卫将他绑了起来，关进大牢。
很多朝臣都了解袁崇焕的一片忠心，他决不会干那种勾当，觉得这事蹊跷得很。有个大臣大胆地劝谏崇祯帝说：“袁崇焕一向忠心为国，请陛下慎重啊！”
崇祯帝对大臣的劝告充耳不闻，加上魏忠贤的一些余党又趁机在崇祯帝面前诬陷袁崇焕，1630年袁崇焕就被崇祯帝处斩了。
皇太极用计除了他的对手袁崇焕以后，后金越来越强大，皇太极也就更加藐视明朝，不可一世了。
1635年，皇太极把女真改为满洲；第二年，皇太极在盛京称帝，改国号为清。从此，就开始了清朝的历史，皇太极就是清太宗。