如果是由于管理不善造成的存货毁损，应该做进项税额转出，
即：管理不善造成的原材料毁损：
借：待处理财产损溢，
贷：原材料；
借：管理费用，
贷：待处理财产损溢、应交税费-应交增值税(进项税额转出)等。
不得从销项税额中抵扣的进项税额，但是企业已经抵扣的，需要作进项税额转出处理，具体情形包括：
1.用于简易计税方法计税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物、加工修理修配劳务、服务、无形资产和不动产。其中涉及的固定资产、无形资产、不动产，仅指专用于上述项目的固定资产、无形资产(不包括其他权益性无形资产)、不动产。
2.非正常损失所对应的进项税，具体包括：
(1)非正常损失的购进货物，以及相关的加工修理修配劳务和交通运输服务。
(2)非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物(不包括固定资产)、加工修理修配劳务和交通运输服务。
(3)非正常损失的不动产，以及该不动产所耗用的购进货物、设计服务和建筑服务。
(4)非正常损失的不动产在建工程所耗用的购进货物、设计服务和建筑服务。纳税人新建、改建、扩建、修缮、装饰不动产，均属于不动产在建工程。
3.特殊政策规定不得抵扣的进项税，
(1)购进的贷款服务、餐饮服务、居民日常服务和娱乐服务。
(2)纳税人接受贷款服务向贷款方支付的与该笔贷款直接相关的投融资顾问费、手续费、咨询费等费用，其进项税额不得从销项税额中抵扣。