主要区别是，性质不同、职务不同、机构不同，具体如下：
一、性质不同
1、股级
股级一般指股所级，是县区规范设置的一种没有级别的管理层级。介于副科级和科员级之间。
2、科级
科级一般指乡科级，乡科级指的是公务员级别。
二、职务不同
1、股级
县直和乡镇的中层干部。
2、科级
领导职务。
三、机构不同
1、股级
县直部门和乡镇的内设、派出机构。
2、科级
各地市（设区）党委、人大、政府、政协的下属单位所属科室，各县市党委、人大、政府、政协的下属单位，各乡镇政府。
参考资料来源：百度百科-股级
参考资料来源：百度百科-科级
参考资料来源：百度百科-乡科级正职