我特从小就爱看日本的动漫，以前都是看一些爱情的，妖怪之类的像《火影忍者》《百变小樱》，现在发现日本很多动漫不仅好看还很有深度。
有一部日本动漫我是从小追到大的，那就是《名侦探柯南》，为什么说它有深度，其实也就是这部动漫做的特别好，在我们看那些精彩的案件推理的时候有没有想过，是那些制作人设计案件，进行设计推理，在我们看那些好看的人物时候，为什么我们会被柯南可爱到，被帅气的新一帅到，被小兰美到，这些都是优良的人物制作团队的功劳这部动漫之所以能够一直在更新，而且受到这么多的人的喜爱，的确是很完美很优秀很有深度的动漫。
之前很受欢迎的一部动漫《你的名字》就是很有深度的动漫，这部动漫是以男女主人公互换身份展开的，除了讲述两个人之间浪漫的爱情故事，更多的讲述的是女主三叶不甘心在封闭的家乡度过，平淡一生，她希望去到更大的世界，去外面看看不一样的风景，也通过她交换到城市，展现了两个完全不一样的世界，传统与现代的强烈对比。也通过梦境传达信息，解救村庄里的人，展现了善良以及其他人的固执，迂腐。还有其他的深意我还没有看出来。
最近看了一部也很好的动漫《声之形》，患有先天性听力障碍的西宫哨子从小性格就很自卑，在学校还受到了同学的欺负，尤其是石田将也，但是也由于伤害西宫的事情让他被同学孤立，多年以后他渐渐意识到自己的错误，决定找西宫道歉，他们也成为了好朋友，还救了因为自卑想要轻生的西宫，其实这部动漫是很励志的，她告诉我们要关爱对待身边每一个人，还告诉我们无论如何都要自信，都要开心快乐地活下去，看到西宫和将也走向朋友关系，又觉得很温暖，没有任何一个人天生就是坏心眼的。
除了这些，宫崎骏的动漫都是有深度的动漫，从他所以的动漫都是采用手绘创作就足以证明他作品的价值，《千与千寻》告诉我们做人不能太贪心，也告诉我们善良的人是有好报的，在众多诱惑之中依旧不能忘了自我。《魔女宅急便》一个活力四射，想靠自己的能力实现自己价值的女生，《哈尔的移动城堡》是我最喜欢的一部，也是最浪漫的一部，爱情的力量是伟大的，有情人终成眷属。《风之谷》表达了对和平的向往，对人与自然关系的深刻探讨。还有其他很多优秀的作品，他总体是表达和平，自由，自然，爱情，人性这些美好的事物，反对战争，贪婪。真的，他的每一部作品都值得一看。
魔法少女小圆(新房绍之的监督，梶浦由记的音乐加上虚渊玄的脚本，确实是不可多得的佳作，剧情也挺有深度的，剧场版也在创造一个又一个的奇迹）
物语系列（在搞笑的吐槽中却又透出对现实世界的某些真实写照）
攻壳机动队（这个画质没的说，2部剧场版绝对是日本动画的顶峰之作，故事也非常有内涵，可以说是和eva同一深度，甚至我觉得在作品的内涵方面已经超越了eva的种种意识流）
壳中少女（这个怎么看都是像攻壳致敬的作品，气氛很像，同样讨论了人性的定义）
来自新世界（这个可以说是最冷的神作了，虽然中间有几集的作画崩得没法看，但不可否认其作品本身的深刻内涵）
说到内涵果然还是宫崎骏啊，如果没看完他的作品的话建议去看看
新海诚的作品也非常不错，多为1个小时左右的短片，其画面之精美基本无人可敌，但仅仅只是画面好未免有些华而不实，新海诚的每部作品都贴近生活，从平凡的生活中讲诉道理，确实是不可多得的佳作。
钢之炼金术师 (51)
钢之炼金术师 香巴拉的征服者 (剧场版)
钢之炼金术师 Fullmetal Alchemist + SP (64+5)
钢之炼金术师 叹息之丘的圣星 (剧场版)
大剑 (26)
空之境界 俯瞰风景 (剧场版)
空之境界 杀人考察(前) (剧场版)
空之境界 痛觉残留 (剧场版)
空之境界 伽蓝之洞 (剧场版)
空之境界 矛盾螺旋 (剧场版)
空之境界 忘却录音 (剧场版)
空之境界 杀人考察(后) (剧场版)
空之境界 终章 (剧场版)
空之境界 未来福音 (剧场版)
命运石之门 (25)
命运石之门 负荷领域的既视感 (剧场版)
攻壳机动队 (剧场版)/攻壳机动队2.0 (剧场版)
攻壳机动队Ⅱ 无罪 (剧场版)
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黑礁Ⅱ (12)
黑礁 罗贝尔特的复仇 (5)
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图书馆战争：革命之翼 (剧场版)
剑风传奇 (25)
剑风传奇 黄金时代篇Ⅰ：霸王之卵 (剧场版)
剑风传奇 黄金时代篇Ⅱ：多尔多雷攻略 (剧场版)
剑风传奇 黄金时代篇Ⅲ：降临 (剧场版)
读或死 OVA (3)
读或死 (26)
死亡笔记 (37)
死亡笔记特别篇 神之幻觉 (1)
死亡笔记特别篇 L的继承者 (1)追问
大剑真心好看，一直在等，出的太慢了。
追答以上几部够你看的了，及时采纳。大剑的漫画出的慢
本回答被提问者采纳命运之门（看这个绝对不能放弃，看到结尾才知道精彩）
无头骑士异闻录
Another
未来日记
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弹丸论破
进击的巨人
魔法少女小圆