SC的终章是先讲艾丝蒂尔一行通过乘坐埃尔塞尤号上了浮游都市，但在登陆的过程中遭遇了剑帝莱维和黑色乐曲·“德尔基昂”的袭击，埃尔塞尤号受损而迫降在浮游都市的西侧（也就是利贝尔·方舟的公园区划）。然后一行人开始了浮游都市的探索。和FC的封印区域一样，也是分为探索组和据点组。通过了地下通道一后，来到了居住区划，在那里见到乐结社的人形兵器在攻击乔丝特和山猫号，但没有看到其他的空贼。救下乔丝特后，才得知其他的空贼被结社给抓去了，乔丝特入队。然后经过了地下通道二，来到了工业区划，在这里看到了红色方舟“古罗里亚斯”，一行人带上乔丝特进入就出了空贼。然后在通过地下通道三，来到了中枢塔下。在第二层见到“怪盗绅士”布鲁布兰，可以带上王子和公主，对话会有所不同。第三层是“瘦狼”瓦鲁特，如果带上金的话，在战斗后会引发两人单挑的剧情，最后是金获胜，瓦鲁特被打晕。第四层是“幻惑之铃”露茜奥拉，带上雪拉的话，在战斗结束后会引发两人的对话，其实露茜奥拉在当时已经是喜欢了团长，但团长拒绝了露茜奥拉的表白，而且令露茜奥拉害怕的是，团长要给她找对象，所以在当时，露茜奥拉耳边响起一个声音，然后就把团长推下了悬崖，之后就用幻术迷惑和欺骗了其他人。然后露茜奥拉说她杀了团长之后，就只剩下雪拉扎德是她最牵挂了，看到雪拉扎德在利贝尔生活得这么安适，她也就无怨无悔了，于是就从中枢塔上跳了下去。第五层是“歼灭天使”玲，带上提妲也会有一点不同的对话。打败她和帕蒂尔·玛蒂尔后，帕蒂尔·玛蒂尔由于关节部分负荷过重而无法继续战斗，艾丝蒂尔也上去教导了她一番，其中还有打了她一巴掌，然后艾丝蒂尔紧紧抱住了玲。之后，玲更改了帕蒂尔·玛蒂尔的驱动方式，坐上后飞走了，临行前还告诫艾丝蒂尔一行人一定要活着。在顶层见到了剑帝，与他战斗后，小约提出和他单挑，结果是小约出乎意料的赢了（小约打飞了剑帝手中的剑），然后两人和好如初。但是怀斯曼突然出现，重击了剑帝一下后，还利用以前在约修亚身上植入的圣痕，将约修亚给控制住，将其带走。受伤的剑帝让艾丝蒂尔他们乘坐前面的巨型电梯到根源区域找怀斯曼，但是突然出现了两台黑色乐曲，挡住了去路。这时，其他的伙伴们上前来支援了，拦住了两架黑色乐曲后，在乘坐电梯时又遇到一架，不得已把它给打到。到了根源区域，怀斯曼向他们叙述乐塞姆利亚文明时期，利贝尔的先祖们为何要将辉之环封印在异次元，还有噬身之蛇为什么要得到辉之环。但艾丝蒂尔的一般回驳让怀斯曼恼羞成怒，用魔眼定住其他人，却叫约修亚吧艾丝蒂尔给制住。然后怀斯曼还想了一个很残忍的手法：让约修亚杀了艾丝蒂尔，然后在解除对他的控制。不用想也知道，这会让约修亚的心再次破碎。但是，怀斯曼的目的无法成功，约修亚靠自己的力量打败了圣痕的控制，原因是在探索浮游都市之前，约修亚按照卡西乌斯信里所说的，拜托凯文神父在自己身上打下了暗示之楔以到时解除圣痕的控制。之后就是四人语怀斯曼的对决。打败他后，怀斯曼语辉之环融合，变成一个巨大的怪物（他自称是天使- -|||）。开始时，艾丝蒂尔他们无论怎么打，都无法对怀斯曼造成伤害。怀斯曼他有对艾丝蒂尔他们用了魔眼。这时，剑帝乘着黑色乐曲来到，不惜性命，用他的外之理打造的剑击碎了怀斯曼周围的绝对屏障。但也被怀斯曼重击。之后就是正邪的最终对决，其中怀斯曼会变一次身。打败后，辉之环也消失乐，剑帝也因受了重伤不幸去世。其他伙伴也到了根源区域，拉塞尔博士得知辉之环消失后告诉众人浮游都市将要倒塌，众人于是通过之前的地下通道赶回埃尔塞尤号。约修亚也带上了莱维的剑。之后，小约因为圣痕的消失而身感不适，和小艾一起被队伍落单了，但是他们前面的道路被落下的巨石给砸毁了，两人就到中枢塔前的紧急通道逃走。但最后还是无法逃走，在方舟外的一处落下。之后，令人惊喜的一幕出现了——卡西乌斯乘着古代龙“雷格纳特”把两人给救上来。之后就是Ending动画。动画过后场景转到了哈梅尔遗址，小约将莱维的剑放在卡玲的墓前，和小艾一起携手，决定周游大陆，剧终。然后就是存储通关存档啦。
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