在华盛顿进入第二任期时，内阁意见分歧，党争加剧，作为内阁主要成员的杰斐逊和汉密尔顿都提出了辞呈。1793年4月，英法开启战端，华盛顿采取了中立政策，从而受到亲法派的攻击，亲法的首领杰斐逊辞去了国务卿职务。
华盛顿的中立政策在国际上，不仅为法国所愤愤不满，而且受到英国的挑战。美英关系急剧恶化，国会已作战争准备，而华盛顿的目标则是避免同英国的一场战争。1794年4月，华盛顿派亲英派重要分子，最高法院首席法官约翰·杰伊为特使，赴英交涉。同年11月，签订了《杰伊条约》。《杰伊条约》缓和了美英关系，保全了和平，保证了美国西部领土的完整，并为美国向西扩张奠定了基础。
华盛顿在他任期的最后时刻，批准了《1796年土地法令》。