北京协和医院(东单院区)约9.6公里。根据百度地图查询可知，
从北京南站到北京协和医院(东单院区)自驾全程约9.6公里，花费时间约31分钟，途经：太平街、南新华街。
从北京南站到协和医院自驾第二条路线，全程约8.8公里，花费时间约31分钟，途经：马家堡东路、太平街。
北京协和医院(西院)约7.0公里。根据百度地图查询可知，
从北京南站到北京协和医院(西院)自驾全程约7.0公里，花费时间约27分钟，途经：菜市口大街、宣武门外大街。
从北京南站到北京协和医院(西院)自驾第二条路线，全程约7.5公里，花费时间约25分钟，途经：太平街、南新华街
温馨提示：答案为网友推荐，仅供参考