在市场经济环境中，国债利率的制定深受市场利率的影响。市场利率，通常指的是证券市场各类证券的平均收益率，国债利率需与其保持大致平衡。若国债利率高于市场利率，可能导致财政利息负担加重，还可能挤占其他证券市场，促使市场利率上升，对经济稳定不利。相反，如果国债利率远低于市场利率，会降低其吸引力，影响发行的正常进行。
在中国，国家银行利率起着核心作用，市场利率则在此基础上随资金供求变化而波动。因此，我国国债利率的制定主要参照银行利率，但通常会略低于市场利率，因为国债以国家信誉为担保，投资者对其安全性有高度信心，即使收益较低也愿意购买。
社会资金的供需状况对国债利率也有显著影响，资金充裕时，利率可适当下调；资金紧张时，利率需提高。政府经济政策也会对国债利率产生影响，政府可能会通过调整利率来影响市场，以实现经济调控目标。
由于我国国债发行历史相对较短，受制于经济条件，对利率的选择还在探索阶段，利率水平和结构尚有改进空间。过去，低利率导致国债发行困难，现在则需在保证发行便利与国债信誉之间找到平衡。例如，1999年后的利率调整，一方面考虑了国债免税优势，另一方面也需与“金边债券”地位相匹配。
总的来说，国债利率一般应略低于市场利率或略高于银行利率，而且不同期限和用途的国债应有不同的结构性利率，以体现其不同的风险和收益特点。长期国债利率高于短期，建设性国债利率高于其他类型债券，以反映其不同的投资回报要求。
国债是一个特殊的财政范畴。它首先是一种非经常性财政收入。因为发行国债实际上是筹集资金，意味着政府可支配资金的增加。但是，国债的发行必须遵循信用原则：即有借有还。债券或借款到期不仅要还本，而且还要支付一定的利息。国债具有偿还性，是一种预期的财政支出，这一特点和无偿性的税收是不同的。国债还具有认购上的自愿性，除极少数强制国债外，人们是否认购、认购多少，完全由自己决定，这也与强制课征的税收明显不同。