这种情况最好是你们和他（她）谈一下，看该博士的情况。如果该博士没有就业单位（如应届毕业或脱产毕业的博士），那么你们可以建议他把档案放到你们单位；如果人家已经在职了，而且想博士后出站后回原单位的话，那么他不愿意或不能把档案转到你们单位，除非他想先辞职，再进站，再就业。
档案放到你们公司可能对你们更有利，但很多站一般不需要博士的档案，博士后毕竟是合作（较本单位研究人员更廉价的科研劳动力）关系，短期暂时的，课题完成了，人家就出站走了，如果你想继续用他，双方可以考虑留下正式工作（
正式员工）的事。
但愿我的回答能给您带来帮助。