黄巢家中世代以贩卖私盐为业，家境十分富足。他善于剑术，马术和箭法也不错，粗通笔墨，小时候就有诗才。 黄巢五岁时侍奉祖父，父亲为菊花连句，祖父思索未至，巢随口应曰：‘堪于百花为总首，自然天赐赫黄衣。’他的父亲责怪他，就想打他。他的祖父说：‘孙子能作诗，但不知怎么样，你可以再写一首。’巢就说道：‘飒飒西风满院栽，蕊寒香冷蝶难来。他年我若为青帝，报与桃花一处开。’”
黄巢成年后曾几次应试进士科，但皆名落孙山，于是他满怀愤恨地写了一首《不第后赋菊》后便离开了长安，后继承祖业成为盐帮首领。
唐僖宗乾符元年（874年），全国各地连年发生水旱灾，河南最为严重，“麦才半收，秋稼几无，冬菜至少”。但自唐懿宗以来“用兵不息，赋敛愈急”，各州县又不上言灾情，致使“百姓流殍，无处控诉”。
于是濮阳的私盐贩子王仙芝与尚君长等聚众数千人，于长垣县揭竿而起，攻州占县，攻陷了曹州、濮州和郓州。声势大涨。王仙芝遂自称“天补平均大将军”，兼“海内诸豪都统”，号称草军。并传檄诸道，斥责唐朝吏治腐败、赋役繁重、赏罚不平等罪恶。有票帅尚君长、柴存、毕师铎、曹师雄、柳彦璋、刘汉宏、李重霸、蔡温球、楚彦威、王重隐等十余人，大肆劫掠。之前有谣言说：“金色蛤蟆争努眼，翻却曹州天下反。”等到王仙芝造反，当时天下都很害怕。 乾符二年（875年）六月，王仙芝等攻陷濮州（今河南范县）、曹州，并击败了镇压的官军。黄巢生性喜欢动乱，就与子侄黄存、黄揆、黄邺及外甥林言等八人聚众数千人，响应王仙芝，草军声势日益浩大。四方苦于苛征暴敛的百姓，及散居民间的庞勋旧部，争先投奔义军，“数月之间，众至数万”。攻郓州，袭沂州。
到十一月，农民起义军“剽掠十余州，至于淮南，多者千余人，少者数百人。”左金吾卫上将军齐克让为泰宁军节度使，率军讨伐王仙芝。王仙芝害怕了，率军转战陈、许、襄、邓，不分老幼，全部裹挟而走，号称有三十万兵马。唐廷见王仙芝起义声势浩大，立即诏令淮南、忠武、宣武、义成、天平军五节度使进击草军，任命平卢节度使宋威为诸道行营招讨草贼使，特赐禁军3000，甲骑500，并命河南诸藩镇所遣各军均由宋威指挥。王仙芝与黄巢采取了避实就虚的流动战术，率军进围沂州。 乾符三年（876年）七月，宋威同王仙芝义军战于沂州城下。大败之。宋威上奏王仙芝已死，就遣散了诸道兵马。王仙芝、黄巢利用有利时机，经短暂休整，于八月进河南，迅速攻占阳翟（今河南禹县）、郏城（今河南郏县）等八县之地 。朝廷用王铎代替宋威担任诸道行营招讨草贼使。以左散骑常侍曾元裕为招讨副使，镇守洛阳。令山南东道节度使李福选步骑2000北上汝州（今河南汝州市）、邓州（今河南邓州市），扼守要道，凤翔节度使令狐绚和邠宁节度使李侃选步兵1000、骑兵500进驻陕州（今河南陕县）、潼关（今陕西潼关），企图阻止王仙芝西进，并进而聚歼义军。
王仙芝遂率领义军猛攻汝州城，全歼官军，占领汝州，杀死唐将董汉勋、刑部侍郎刘承雍、生擒刺史王镣。东都大震，百官出奔。唐僖宗下诏赦免王仙芝罪，收买王仙芝。王仙芝乘胜北上攻占阳武（今河南原阳），在围攻郑州时，与昭义军节度监军雷殷符战于中牟（今河南鹤壁西），战败后义军蚁聚在邓、汝之间。
关东各州县，大多畏惧草贼，都坚守城池，因此草贼纵兵四略，王仙芝率一部义军南下，十月攻打唐州（今河南唐河）、邓州；十一月继续南进，一举攻占郢州（今湖北京山）、复州（今湖北沔阳）；十二月攻随州（今湖北随县）。所过之处大肆烧杀抢掠，路上几乎没有活人。另一支义军东进淮南，进入申州（今河南信阳）、光州（今河南潢川），又攻打隋州，抓获了刺史，以安州为据点，分奇兵包围舒州，攻打庐、寿、光等州。转向东南挺进安州（今湖北安陆）、黄州（今湖北黄冈）。逼近扬州，声震淮南。半年时间里，义军在江淮河汉之间广大地区流动作战，打得官军顾此失彼，迅速发展到30万人。
宋威老迈昏庸，不能打仗，就私下与曾元裕商量道：“当初庞勋被灭，康承训就获罪。我们如果成功剿灭草贼，能免祸吗？不如留下草贼，让天子担忧，这样我们也会成为功臣。”因此，等贼兵一走，宋威就立即撤军。皇帝也知道了这件事，就以忠武军节度使崔安潜为行营都统，以前任鸿胪卿李琢代替宋威，以右威卫上将军张自勉代替曾元裕。 草贼出入蕲州、黄州，蕲州刺史裴渥不能抵抗，答应为王仙芝上表求官。双方相约罢兵。王仙芝与黄巢等就与渥一同赴宴。不久，唐僖宗封王仙芝为“左神策军押牙”，王仙芝思想有了动摇，欲放弃斗争，接受唐的官职。
黄巢恨朝廷没有赏赐自己，就斥责王仙芝说：“始者共立大誓，横行天下，今独取官赴左军，使此五千余众安所归乎！”这时群情激愤，责骂不已，怒不可遏的黄巢出拳击打王仙芝。因遭到黄巢的责骂，义军强烈反对，王仙芝才勉强拒绝降唐。并劫掠州中兵丁，裴渥、使者都逃跑了。冲突之后，王仙芝与黄巢分兵作战：尚君长入陈、蔡；黄巢向北进发，北掠齐、鲁，与王仙芝分道扬镳 。这严重削弱了义军实力。
乾符四年（877年）二月，黄巢率军攻陷郓州（治今山东郓城），杀天平军节度使薛崇。三月，又攻陷沂州，人数达到数万人，黄巢虽连下二州，但仍是孤军作战，势单力薄。这时王仙芝部将尚让屯兵嵖岈山（今河南遂平西），黄巢便与尚让会合，共保嵖岈山 。
当时票帅柳彦璋又攻打江州，抓住了刺史陶祥。黄巢与王仙芝再次合兵，不久，即进攻宋州（治今河南商丘南）。正好招讨副使张自勉领兵赶到，斩杀了二千名草贼。
王仙芝于是率原班人马南下，度过汉水，攻打荆南。荆南节度使杨知温入城坚守，贼兵纵火焚烧城墙，杨知温坚守不出，朝廷下诏让高骈代替他。骈用一万五千名蜀兵自己带粮，希望三十日可以赶到，但城池已经失守了，杨知温逃走了，草贼不能守城。于是下诏让左武卫将军刘秉仁做江州刺史，勒兵乘船进入贼兵的营栅，贼兵十分惊骇，争相投降，柳彦璋被斩杀。
黄巢率本部人马在蕲、黄一带迂回作战，攻打和州，却没有攻克。由于作战失利，不得不北返中原，连下匡城（河南封丘东北）、濮州。 仙芝包围了洪州，并攻了下来，就让徐唐莒来驻守。又攻占了朗州、岳州，并包围了潭州，但被湖南观察使崔瑾击退了。就转战浙西，骚扰宣州、润州，没有能成功，就率本部人马留在江西，让别部回河南。
帝诏让崔安潜回忠武去，重新起用宋威、曾元裕，做招讨使，让杨复光监军。复光派人招降草贼。王仙芝派遣蔡温球、楚彦威、尚君长来谈判，向宋威要求做节度使。宋威假装答应他。上书说“与君长战，禽之”。最后斩君长等于狗脊岭。仙芝大怒，攻打洪州。宋威亲自率兵去救，在黄梅打败了王仙芝，斩首五万多人，还擒杀了王仙芝，传首京师 。
