每个法院整理卷宗的方式都会有些许不同，但是大致的顺序是一致的，而民事和刑事案件，卷宗整理也基本是一样的。
整理案件、装订卷宗每个案卷都必须分正、副卷。正卷主要从本案受理开始到终结的顺序整理，般是什么起诉书，当事人及其辩护人的身份材料，以及答辩状，还有证据材料，以及委托送达函，最终的审判书，送达回证。
副卷主要内容是有关案件的案件报告、合议庭合议记录、审判委员会研究决定、作出法律文书原件(如裁定、判决书)等涉密资料，也必须按照顺序来。
扩展资料：
相关法条：
《人民法院诉讼文书立卷归档办法》：
第八条 诉讼文书材料的排列顺序，总的要求是，按照诉讼程序的客观进程形成文书的时间自然顺序进行排列。
第九条 刑事一审诉讼文书材料的排列顺序：
（1）卷宗封面；（2）卷内目录；（3）案件移送书；（4）起诉书正本；（5）起诉书附件；（6）阅卷笔录；（7）准备庭笔录；（8）送达起诉书笔录；（9）审问笔录；（10）调查笔录或调查取证材料；
（11）聘请、指定、委托辩护人的有关材料；（12）开庭前的通知、传票、提票等；（13）开庭公告；（14）审判庭审判笔录；（15）审判庭询问证人笔录；（16）辩护词、公诉词；（17）合议庭评议笔录；（18）案情报告；（19）审判委员会决议或记录；
（20）判决书或裁定书、调解书原本和正本；（21）宣判笔录；（22）判决书和裁定书等送达回证；（23）抗诉书；（24）移送上诉案件报告或上诉案件移送书；（25）上级法院退卷函；（26）上级法院判决书或裁定书正本；（27）执行通知书存根和回执（释放证回执）；（28）赃、证物移送清单和处理手续材料；（29）备考表；（30）卷底。
第十二条 民事一审诉讼文书材料的排列顺序：
（1）卷宗封面；（2）卷内目录；（3）诉状或口诉笔录；（4）立案通知书（通知缴纳诉讼费或免费手续）；（5）应诉通知书回执；（6）答辩书；（7）询问笔录；（8）调查笔录或调查取证材料；（9）调解材料和调解笔录；（10）准备庭笔录；
（11）诉讼代理人、法定代表人授权委托书、鉴定委托书，法定代表人身份证明；（12）开庭前的通知、传票等；（13）开庭公告；（14）审判庭笔录；（15）案情报告；（16）评议笔录；（17）调解书、撤诉书；（18）审判委员会决议或记录；
（19）判决书或裁定书原本和正本；（20）宣判笔录；（21）送达回证；（22）上诉书；（23）上级法院退卷函；（24）上级法院判决书、裁定书正本；（25）证物处理手续材料；（26）执行手续材料；（27）备考表；（28）卷底。
第十七条 一个案件的诉讼文书材料经过系统排列后，要逐张编号。卷宗封面、卷内目录、卷底、备考表不编页码。页码编在右上角，一律使用阿拉伯数字。字体要整齐、清楚。
第十八条 要认真登记好卷内目录。一份诉讼文书材料编一个顺序号，判决书、裁定书的原本和正本编一个顺序号。卷内目录应按卷内诉讼文书材料排列顺序逐件填写，标明起止张号，字迹要工整、清晰。
第十九条 卷宗封面所列的各个项目，都要用毛笔或钢笔逐项填写齐全，书写要工整。其中结案日期填写正式宣判日期。
第二十条 装订前要做好诉讼文书材料的检查。对破损或褪色的材料，应当进行修补和复制。装订部位过窄或有字迹的材料，要用纸加衬边。纸面过小的书写材料，要加贴衬纸。
纸张大于卷面的材料，要按卷宗大小折叠整齐。对字迹难以辨认的材料，应当附上抄件。外文材料应当译成中文附在后面。需要附卷的信封要打开平放，邮票不要起掉。材料上的全部金属物都要剔除干净。
第二十一条 一个案件的诉讼文书材料，每卷以二百张左右为宜，过多时应按形成的顺序分册订卷。
第二十二条 卷宗必须用线绳三眼至五眼装订牢固，不要漏订。长度应在十八公分左右。
第二十三条 人民法院的诉讼文书材料，要单独立卷，不要与公安机关预审卷、检察机关起诉卷混订或合订。
第二十四条 卷宗装订以后，应检查文件材料有无漏订现象，然后在卷底装订线上贴上封纸，并用承办书记员名章加盖骑缝。
参考资料：百度百科——《人民法院诉讼档案管理办法》