从分子结构上看一个为盐酸根另一个为硫酸根；从临床上盐酸氨基葡萄糖中的氯离子对胃肠道有刺激作用，为了减少这种刺激服用时要求饭后服用而硫酸氨基葡萄糖没有这种情况；从长期服用安全性的角度上长期服用含大量氯离子的盐酸氨基葡萄糖不但对胃肠不利而且对肝肾容易造成损害，硫酸氨基葡萄糖中的硫酸根离子是人体内蛋白合成的参与者故无副作用。
都是属于氨基葡萄糖，也叫氨糖，是形成软骨细胞的重要营养素，是健康关节软骨的天然组织成份。可以帮助修复和维护软骨，并能刺激软骨细胞的生长。虽然盐酸氨基葡萄糖和硫酸氨基葡萄糖都是属于氨基葡萄糖，但这两种剂型相异甚大，效果也相差甚远。葡萄糖胺盐酸盐是比较容易消化的剂型，相较与葡萄糖胺硫酸盐，葡萄糖胺盐酸盐比较稳定而且纯度较高。实验室的分析显示市售的葡萄糖胺硫酸盐产品含有稳定硫酸盐的氟化钠 (氟化钾 )，其含量高达26%，而葡萄糖胺含量不到74%；相较之下，葡萄糖胺盐酸盐的纯度则超过99%，而且极度稳定。平均来说，葡萄糖胺盐酸盐的效能是葡萄糖胺硫酸盐的1.7倍。862.73mg盐酸葡萄糖胺=1500mg硫酸葡萄糖胺，一般制成药品的也选用盐酸葡萄糖效果更快一些。
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