跨境电商政策经常调整，缺少及时应对方案。跨境电商从4.8新政以来，多次延期、变更或出台税收政策，拐点是2019年的《电商法》颁布实施，行业趋向规范化，但随着政策的调整，也暗藏着许多不确定性，初创期跨境进口商家，往往缺少应对方案。
对接海关三单环节复杂、周期长、多系统对接联调难。跨境电商零售进口，需要阳光清关，会涉及到三单核验，需要商家的电商平台，能对接海关系统、保税仓系统、支付系统，分别推送订单、运单和支付单，并且要满足179公告，实时对接海关开放原始支付数据。这一整个流程，对于初创企业非常复杂，从流程梳理到对接工期都较长。
跨境电商系统鱼龙混杂，选型困难、管理复杂。跨境电商涉及到线上商城、OMS系统、分销系统、门店POS、后端ERP的使用，如果不是成熟度较高、稳定的系统，很难满足经营所需。随着跨境试点城市新增至59个，对系统的开放性、对接能力要求更强。
销售渠道少，线上线下未融合打通，智能化低。跨境电商初创期，大部分都是创业企业，或传统供应链B2B转B2C，要求直面C端，或小B。所以对销售渠道的拓展及管理至关重要，核心还是围绕制定利益分成制度，通过利益规则，去搭建线上销售渠道、线下合作店，形成全渠道闭环融合，打通商品、会员、库存、交易、订单、服务、配送等环节。
我国仍处于跨境电子商务发展的起步阶段，尚未形成配套的法律法规、信用体系等也不健全，无法满足快速发展的跨境电子商务发展需求。
而从国际国内的形势来看，当前我国发展跨境电子商务还存在需要改进和解决的问题，突出表现为以下五大问题。
一、法律法规尚未完善
尽管我国在2018年就已经出台了《电子商务法》，但目前我国在跨境电子商务领域还没有专门的法律法规出台。
跨境电子商务所衍生的通关、商检、退税、结汇、消费者权益、交易纠纷、知识产权和个人信息保护等方面的新问题都需要法律法规予以保障，我国对消费者保护的规定与发达国家的规定不能接轨，跨境电商的国际规则还没有建立。依据跨境电商相关政策法规制定的标准、流程、规范需要统一。
2017年9月，国务院常务会议确定将“4.8新政”缓期至2018年底，到2019年1月1日实施。跨境电子商务零售进口商品监管方案还未最终确定，过渡期一再延长，跨境电商企业对拓展市场业务存在顾虑。
二、信用体系不健全
相比美欧等国，我国的信用体系建设明显滞后，网络欺诈、制假售假、虚假营销、个人信息泄露、侵犯知识产权、售后服务不到位等问题日渐突出。
信用风险已成为制约我国跨境电子商务的最大瓶颈之一。
1.我国不同部门的信用系统无法互联共享，而且缺乏失信惩罚机制。电子商务服务提供商分别建立了各自的信用评价体系，但是不同电子商务服务提供商缺乏对信用数据的共享。虽然有一部分知名电子商务企业加入了网络诚信联盟，但联盟内的评价标准不统一，缺乏约束力。
2.缺乏与其他国家（地区）的信用管理合作，因此彼此缺乏对方国家（地区）的企业和消费者信用数据，导致本国消费者和企业在开展电子商务的时候缺乏信用参考数据。从国际情况看，各国法律不同，又缺乏统一的信用标准，导致一些跨境交易因信用服务缺失而被监管部门制止。
3.各国法律缺乏统一信用标示，各国的信用管理体系不能够很好的应用到跨境电子商务领域。并且我国信用体系本身建立就不完善，企业信用管理机制也很滞后，跨境交易中假冒伪劣产品频发，不仅使企业自身效益受损害，而且不利于我国的国际形象。就国外网站而言，也存在钓鱼网站现象，使中国的消费者权益受损，而跨国维权由于法律不完善也异常艰难。
三、权威统计数据缺乏
我国目前还没有明确的官方跨境电商数据统计。
一方面是因为很多跨境电商企业、跨境电商平台不向政府报数据，政府手上数据匮乏。
另一方面是目前跨境电商数据分散，政府不仅了解不到电商平台、物流方、电商企业掌握的数据，甚至政府内部的海关、外汇、税务等部门的数据也是一个孤岛。
牵头部门需要对每个部门做数据对接，成本很高。跨境网络数据涉及到个人隐私和国家安全，国际上跨境电商数据传输规则已成为新的贸易壁垒，有必要通过移动互联、大数据、云计算等技术加以集成监管，尽快建立我国跨境电商数据统计体系，实现数据链与监管链的整合。
四、知识产权意识薄弱
我国国内生产企业知识产权意识薄弱，缺乏品牌定位，产品同质化严重，热衷于价格竞争。在恶性竞争下，致使大量的低附加值、无品牌、质量不高的商品和假货仿品充斥着跨境电子商务市场，侵犯知识产权等现象时有发生。
事实上，在商业环境和法律体系较为完善的国家，很容易引起知识产权纠纷，后续的司法诉讼和赔偿十分麻烦。多国海关以知识产权为由，对来自我国的快递和邮政小包的检查日渐严格，不少网站的掉包率和退款率有所上升，扣留后就只能交税或退回，给企业带来超额的成本压力。
五、跨境物流发展滞后
跨境电子商务更加注重商品的快速流通而不是库存，物流配送的及时性、安全性和成本等成为影响跨境电子商务发展的重要因素。
相对发达国家而言，我国第三方物流企业的信息处理能力水平很低，配送中心选址、货物配送方案设计与选择、库存优化控制等基本处于半人工状态，降低了货物配送的及时与准确，售后服务能力也相应不足，提高了物流的成本。
尽管中国邮政及物流企业、第四方资源整合服务商甚至电商平台均通过资源整合提供集约化的服务以应对跨境电子商务中的物流瓶颈，但这些企业在国际覆盖范围、物流配送效率、物流信息采集等方面与国际物流快递公司相比还存在较大差距，无法有效满足电商企业的需求。
尽管一些企业开始尝试海外仓等物流仓储和聚集后规模化运输形式，但对于规模不大、分散的中小企业来说目前还不适合。