1947年联合国成立了由美国操纵的所谓“联合国朝鲜临时委员会”，第二年在该委员会的干涉下，南朝鲜成立了议会和大韩民国政府。麦克阿瑟为了使美国更好地控制南朝鲜，亲自出席了其总统李承晚的就职仪式。1948年9月9日朝鲜民主主义人民共和国成立。此后南北朝鲜经常在三八线附近发生冲突，终于在1950年6月25日爆发了朝鲜战争。7月7日美国操纵联合国通过决议，成立由各国军队组成的“联合国军”，杜鲁门总统任命麦克阿瑟为其总司令。在这之前麦克阿瑟因见南朝鲜军队不敌朝鲜人民军，曾派出一个师前去支援，结果几乎全军覆没。在美军和李承晚军节节败退的局势下，麦克阿瑟提出了建议，美国派军在朝鲜中部的仁川登陆，切断北朝鲜的供给线，然后拦腰包围朝鲜人民军。经过反复激烈的争论，这一建议于8月底获美国参谋长联席会议批准。9月，在麦克阿瑟亲自督战下，美军4万多人由55多架飞机掩护，在仁川登陆成功，9月30日攻陷汉城。
麦克阿瑟指挥的这一战役的成功，在美国国内受到交口称赞，似乎使他达到了自己事业的顶峰。他回顾经历过的50多年军事生涯，自己曾是西点军校成绩最优秀的毕业生，是第一次世界大战中最年轻的准将，是军事院校史上最年轻的校长、是担任外国陆军元帅的第一个美国人，也是美国惟一的参加过三次战争的将军。想到这些，麦克阿瑟踌躇满志，甚至有些得意忘形了。当杜鲁门总统于10月15日飞到威克岛与他讨论朝鲜战争局势时，他很果断地说：“朝鲜战争将在感恩节前结束。”杜鲁门问道苏联和中国加人战争的可能性时，他认为假如他们在最初第一或第二个月介人战争，可能是具有决定意义的，现在不怕苏、中干涉了，也用不着再对他们毕恭毕敬了。他认为中国在东北有30万军队，但仅可能派五六万人渡过鸭绿江作战，并且没有空军掩护，因此用不着担忧。
麦克阿瑟这时犯下了一生中最严重的错误，他过高地估计了美军的空中优势，过低估计了中、朝两国人民和军队的力量。美国不顾中国的严重警告，继续向北侵犯井把战火烧到了中朝边境。中国被迫掀起了抗美援朝、保家卫国的运动，并应朝鲜的请求，派出了以能征善战的彭德怀将军为司令员的中国人民志愿军，开赴朝鲜与朝鲜人民军协同作战。从1950年10月下旬至第二年5月，中、朝军队与麦克阿瑟指挥的联合国军进行了5次大规模交战，联合国军节节败退。麦克阿瑟对总统夸下的海口未能兑现，国内对他的抱怨声越来越大。但他仍不甘心失败，提出了增加兵力，轰炸中国东北，扩大战争规模的计划，希望以此挽回败局。但美国政府迫于国内和国际和平力量的压力，不同意麦克阿瑟的计划，而是考虑寻求停战的退路。麦克阿瑟得知后，在1951年3月发表了语言尖刻的声明，坚决反对停战。4月他又写信给众议院共和党领袖约瑟夫·马了，再次强调了扩大战争的主张，抨击美国政府选择了一条错误道路，并骇人听闻地威胁：“如果我们在亚洲把这场战争输给共产党，欧洲的陷落就不可避免。”
这封信使麦克阿瑟与政府的分歧公开化，杜鲁门总统认为这是手下将领对自己这位三军总司令的公然挑战。这时联合国军在中、朝军队打击下一直退到了三八线附近，杜鲁门趁势于4月11日宣布撤消麦克阿瑟的全部职务。麦克阿瑟最终不光彩地结束了自己52年的军事生涯，他的成功和失败都同样闻名于世。退伍之后的麦克阿瑟当上了兰德公司董事长，以后过着隐居般的生活，1964年4月5日病逝。