1988年厦门大学中国社会经济史学科被评为全国重点学科，这是目前我国唯一的国家级专门史重点学科，有权接收博士后。1995年历史学系经国家教委批准建立“国家历史学科人才培养和科学研究基地”。历史学系现拥有历史学一级学科博士学位授予权，下设3个二级学科博士学位授予点，8个硕士学位授予点，1个学士学位授予点（涵盖历史学和考古学2个本科专业）。 历史学系具有优良的教学和科研条件，基地资料中心藏有中外文图书近10万册，中外文期刊近百种。在多年特色研究的基础上，1980年5月，历史学系创办了国内中国经济史研究的第一种专门学术刊物——《中国社会经济史研究》。至2000年底，该刊物已出版了72期。在近20年发展过程中，刊物一直坚持自己的特色，取得了令人瞩目的成就，赢得了国内外学界的普遍赞誉，现已发行40多个国家和地区，成为了中国社会经济史研究的重要交流场所，在国内外学术界享有盛誉。 国家历史学科人才培养和科学研究基地自1994年设立以来，已招收了5届基地班学生。围绕着基地建设，历史系进行系统的教学改革，先后承担教育部主办的“高等教育面向21世纪教学内容和课程体系改革计划”和“新世纪高等教育改革工程”中的两项科研课题，大力推进中国古代史和中国近代史的课程改革，取得良好成绩。中国古代史、中国近代史两门主干课程分别获得省优秀主干课程奖。基地建立了图书资料中心，实行本科生导师制度，开展系列讲座，鼓励学生参与教师的科研课题项目，大大加强了学生的科研能力。从1999年开始，还与东北师范大学历史学人才培养基地进行定期的学生交流，进行学科的优势互补，联合培养基地班学生。历史学系还与福建各地方政府或科研机构合作，建立学生实习基地。 考古专业以中国东南地区的考古学区域性综合研究为特色，特别是在“东南地区考古与民族”、“海外交通与海洋考古”、“人类文化与自然环境考古”等方向的教学与研究方面，承担多项国家、部（委）、省级科研课题，在闽、赣、浙、苏、粤、湘、鄂、陕、晋、川、渝和三峡等地进行教学实践和参加多项全国重要考古发掘。 在教学与科研相长的指导思想下，历史学系培养和引进了一批人才，优化组合成了一支实力雄厚、老中青结合、学术梯队健全、富有朝气的师资队伍。目前有在职教授 16人(博士导师11人)，副教授15人，获得博士学位17人，其中有2位教授被国家教委选为首批 “跨世纪优秀人才”。2000年1月，在近年来突出研究成绩的基础上，为了继续扩大学科研究优势，社会经济史研究领域的研究人员经过优化重组，设立了厦门大学中国社会经济史研究中心。杨国桢教授任研究中心主任，郑学檬教授任研究中心顾问，研究中心下设中国经济制度史研究室、区域社会经济史研究室、海洋社会经济史研究室。 历史系教师在科研方面成果累累，近10年来，承担各类科研项目逐年增加，到目前为止，还承担有各类科研项目40多项，在许多学术领域居于国内领先地位，在国外学术刊物或国内权威刊物上发表论文130篇，在其他各类刊物上发表论文1100多篇，出版专著、译著、教材达130余部。论著获得国家、省部级各类人文社会科学优秀成果奖60多项，其中《中国海关史（晚清部分）》（陈诗启）获得高校第一届人文社科优秀成果二等奖、首届全国社科基金优秀成果二等奖，《明清土地契约文书研究》（杨国桢 ）获得首届郭沫若历史学奖，《敦煌吐鲁番出土经济文书的研究》（韩国磐等）、《明史新编》（杨国桢等）、《中国古代赋役制度史》（郑学檬）、《近500年的福建家族社会与文化》（陈支平）、《明清福建家族组织与社会变迁》（郑振满）获高校第一、二届人文社科优秀成果奖等等。 近10年来，历史系与国内外学术界进行了频繁的学术交流活动。与美国的斯坦福大学、荷兰的莱顿大学、阿姆斯特丹大学、日本的东京大学、大阪大学，以及香港、澳门、台湾的一些大学和科研机构建立了比较稳固的科研合作关系。1995年以来，历史学系主办国际学术会议6次，全国性学术会议5次。在对外学术交流中，历史系利用学科优势、区位优势，积极开展对台文化交流、学术交流，历史系近60%的教师都曾赴台讲学或参加学术会议，扩大了厦门大学在台湾的影响。从1996年开始，历史系还开始招收台湾的博士生、硕士生，现已招收博士生5名，硕士生2名，已毕业1名博士生。 在继承传统研究特色的基础上，历史系推陈出新，不断开拓新的研究领域。出现了一系列新的学科增长点。在古代社会理论研究上，继承和完善“中国传统社会多元结构论”、“弹性论”，对以往被忽视的海洋社会模式并对海洋区域文明史做了大量的实证研究，推出了《海洋中国丛书》等著作，其特色在于确立中国海洋国家的地位，弥补过去重大陆史、轻海洋史，忽视人类与自然的关系的缺陷，立足于海洋开发和利用的视角，辨明沿海区域经济开发与生态环境变迁的关系。中国经济史研究上，运用当代制度经济学的理论与方法，探讨中国经济史的内在结构及其演变趋势。从而跨越历史学、经济学与社会学的界限，对中国经济史开展多学科的综合研究。社会文化史研究是历史系近年有突出成就的研究领域，教师们抱着走向民间、从下而上看历史的研究宗旨，结合历史学和人类学方法，对地方文化、宗教仪式、民间信仰等课题进行了研究。
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