党组主体责任落实存在问题的原因有：
（一）少数领导干部思想观念没有根本转变。
（二）责任分工落实不到位。
（三）同级监督依然困难。
（四）配套制度还不健全。
（五）能力素质还不适应。
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当前落实“两个责任”中存在的主要问题
从调研情况来看，当前各级党委和纪委落实“两个责任”已逐步走上正轨，形成了一些符合本地本部门实际的工作举措和经验做法，但清醒审视，仍存在一些亟待解决的问题。
（一）少数领导干部思想观念没有根本转变。
通过采取“六大推进活动”、述责述廉、分类考核等系列措施，各级党委和纪委的思想认识得到了一定程度的强化，但少数领导干部对“两个责任”的认识还不到位。
一是认识程度不一。少数人员对“一岗双责”的重要意义认识不够深，潜意识中存在重业务、轻廉政的思想偏差。
二是主责意识淡漠。有的领导干部抓党风廉政建设工作的意识不强。少数领导干部对纪检监察机构履行监督责任支持力度不够大。
三是存在好人主义思想。少数领导对下属的违纪违法行为不愿、不敢旗帜鲜明地大胆制止。个别领导干部因为自身不廉，底气不足，害怕严管会“拔出萝卜带出泥”，引火烧身。
（二）责任分工落实不到位。
市委《实施意见》虽然对党委主体责任和纪委监督责任作了界定，但在具体落实中，还存在分工不明确、工作断层等实际问题。
一是责任界限落实不到位。少数地方和部门没有真正落实市委划定的责任范围，依然习惯于将主体责任交给纪委（纪检组）来履行，一些单位仍然存在主要领导只挂帅不出征的现象。
二是“三转”要求未完全落实。个别纪委书记依然分管其他业务工作，不少区（市）县部门纪检组长没有落实不分管其他工作的要求，少数甚至分管办公室、财务、人事以及其他部门具体业务工作。
三是乡镇纪委履职困难。目前，成都市所有乡镇纪委书记均由党委副书记兼任，乡镇纪委没有独立的纪检机构设置，纪委委员多由财政所、综治办、党政办等重要科室负责人兼任，难以有效履职。
（三）同级监督依然困难。
现行的领导体制和工作机制是“两个责任”不容易落实的根本原因，突出表现为同级监督仍然较为困难。
一是监督独立性不够。纪委书记（纪检组长）作为同级党委（党组）的班子成员，对同级党委（党组）班子及成员的监督薄弱。
二是监督方式不明确。各级纪委对同级党委委员违反党的纪律的行为，缺乏具体实施办法和路径。
三是监督的盲点较多。同级班子成员分工不同，纪委书记了解其他班子成员工作情况的途径不多。
（四）配套制度还不健全。
目前，虽然相继推出了落实“两个责任”的系列措施和制度，但仍然存在操作性不强、规范性不够等问题。
一是巡察制度尚需完善。需要在巡察对象、范围、频度、内容、方式和巡察队伍建设上进一步完善和改进。
二是考核机制有待完善。党风廉政建设考核内容、方式、分值权重等尚需在实践中进一步改进完善。党风廉政建设责任监管平台对不实填报、拖延填报的处理还不够严。
三是追责机制不健全。党风廉政建设责任追究及“一案双查”的具体实施办法尚未出台，责任追究和“一案双查”的程序、范围、主体、方式方法均没有细化规定。
（五）能力素质还不适应。
无论是党委还是纪委，在落实“两个责任”方面都还不同程度地存在能力素质不足的问题。从党委来看，有的领导干部善抓业务、不善管理，抓经济建设是行家里手，抓分管范围内的党风廉政建设思路不清、办法不多，落实“一岗双责”缺乏实在的工作举措和抓手载体。
从纪委来看，纪检监察干部的思维方式、工作方式、业务水平不适应新形势的发展需要，年龄结构、知识结构都还不尽合理，特别是乡镇纪委干部缺乏系统的学习培训和实践锻炼，对纪检监察工作往往只能简单应付。
参考资料来源：中国共产党新闻网-主体责任和纪委监督责任的实践与思考
但是我们还应看到各地在落实贯彻落实党委主题责任时，还存在许多问题。
（一）思想观念转变滞后。认识是行动的先导。认识错位，落实必然走样。有的党委（党组）对落实党风廉政建设主体责任认识不足，重视不够，工作只注重开会、发文和签责任状，依然存在重形式轻内容，有的单位认为业务工作是主业，党风廉政建设差一点无关大局，不求优秀，但求无过；没有违纪违法行为就是抓好了党风廉政建设工作的片面认识。凡此种种，不一而足。由于思想观念还没有真正转换过来，致使落实党风廉政建设主体责任的思路不清，工作流于形式，积极性和主动性大打折扣。
（二）责任落实措施乏力。一是落实上的形式主义。少数党组对落实党风廉政建设文件精神和相关规定疏于学习、疏于研究、疏于落实，还是依照往年落实党风廉政建设精神的老套路在抓党风廉政建设工作。二是制度执行走样。依旧存在将制度停留在纸上的现象，在制度制定和执行上“一手硬一手软”。
（三）监督检查角色缺位。个别监管单位党组在落实主体责任上不注重跟踪问效，只尽责不负责，只履职不担责，忽视对党风廉政建设责任制的监督检查和落实，特别是缺少对重点岗位、重点领域、重点环节的廉政风险防控跟踪监督检查活动，即使开展检查活动，也只是流于形式，走马观花，没有起到纠错警醒作用。
（四）考核评价体系欠缺。结合单位和行业实际，制定具有可操作性和指导性的个性化考核方案，是落实主体责任的有效途径。目前，各级党委（党组）基本没有分岗位廉政风险防控点不同而制定定性与定量相结合的科学合理的考核评价体系。同时，在对党风廉政建设考核评价方式上基本都是采取年初分解，半年汇报，年终考核的固定模式，考核中的形式主义色彩较为突出，没有很好地发挥考核指挥棒的导向作用。本回答被提问者采纳