法律分析：工程资质在哪个部门办理要根据等级来划分，不同的资质等级对应不同的申报部门。建筑工程施工总承包资质划分为四个等级。工程资质是一个公司从事某项工程作业的资格，法律要求有相应的资质之后才可以承接工程作业。
法律依据：《建筑业企业资质管理规定》
第九条 下列建筑业企业资质，由国务院住房城乡建设主管部门许可：（一）施工总承包资质序列特级资质、一级资质及铁路工程施工总承包二级资质；（二）专业承包资质序列公路、水运、水利、铁路、民航方面的专业承包一级资质及铁路、民航方面的专业承包二级资质；涉及多个专业的专业承包一级资质。
第十条 下列建筑业企业资质，由企业工商注册所在地省、自治区、直辖市人民政府住房城乡建设主管部门许可：（一）施工总承包资质序列二级资质及铁路、通信工程施工总承包三级资质；（二）专业承包资质序列一级资质（不含公路、水运、水利、铁路、民航方面的专业承包一级资质及涉及多个专业的专业承包一级资质）；（三）专业承包资质序列二级资质（不含铁路、民航方面的专业承包二级资质）；铁路方面专业承包三级资质；特种工程专业承包资质。
第十一条 下列建筑业企业资质，由企业工商注册所在地设区的市人民政府住房城乡建设主管部门许可：（一）施工总承包资质序列三级资质（不含铁路、通信工程施工总承包三级资质）；（二）专业承包资质序列三级资质（不含铁路方面专业承包资质）及预拌混凝土、模板脚手架专业承包资质；（三）施工劳务资质；（四）燃气燃烧器具安装、维修企业资质。