1、出自少昊的后代，以邑为姓。
据《通志氏族略以邑为氏》等所载，据说少昊为古代东夷族的首领，号金天氏。东夷族以鸟为图腾，相传他曾以鸟名为官名，设有工正和农正。管理手工业和农业，少昊之子为工正，主制工失，被封于尹城，世称尹殷。子孙世掌其官职。
殷的后代多用封邑名“尹”作为姓氏，周朝时尹氏子孙的封地一直在尹这个地方。是为河南尹氏和山西尹氏。
2、以官名命名。
据《风俗通》所载，尹氏商、周时的官名，职位相当于宰相。商汤时有伊挚为尹，周宣王时有兮伯吉莆为尹，他们的后代中都有以尹为姓的，也称为尹氏。除此之外，周之列国中亦有尹氏，如晋国的尹河，晋国有尹驿，秦国有尹喜。二作为南方的楚国，其长官也多有称尹的。
迁徙分布
尹姓发源于河南、山西、陕西、甘肃一带。
秦汉时期，尹姓主要分布在陕西、山西、河南、河北、山东等地，东汉时有经学家尹敏，出南阳堵阳（今河南方城东），后人迁居河北，在隋唐时发展成宗族大户，故有河间郡。
两汉之际迁入江浙一带和贵州、广西等地，尹姓在贵州发展成大姓（龙、傅、尹、董四大姓）之一。
魏晋南北朝时，天水、西州（今甘肃中部和西北部）一带尹姓成为当地大族，前秦、后凉、后秦等国均有尹姓任职，故有天水郡。
隋唐时，尹姓已遍布全国，冀州河间郡亦成为尹姓郡望。唐朝末年，尹京受朝廷委派，驻守衡山，封衡山伯，尹姓遂分布于湖南境内。
宋朝靖康之难，尹氏因为护驾南下有功，被封为东莞县令，促使尹氏族群移居东莞，香港尹氏多数源自这支分流。宋朝末年，随着金兵南下和蒙古铁骑的烽烟，北方士族纷纷往南迁徙，尹氏族人也在此时往江西、浙江、江苏等地迁徙。
宋末元初和元末明初，尹氏由山东、山西迁徙到安徽、江西等地，此后又继续迁往湖南、湖北等省。
明末清初的“湖广填四川”移民运动，湖南、湖北尹氏又大批迁移四川、重庆等地。另有山东尹氏官员带领大批同姓官兵到北京抗击清兵，溃败后部分保留姓氏留下。
明朝洪武、永乐年间，尹氏族人由山西大槐树、江西瓦窑屑等地徙于河南、河北、天津等因战乱而人口锐减的地区。
清代，有尹姓渡海入台，进而入居海外者。