上海的地铁和轻轨目前采用按里程计费的方式,与所乘站数无关。通过站内换乘或交通卡“虚拟换乘”从一轨交线路的某站点到达另一线路的另一站点的,只要是在进站之后3小时内出站的,按两站之间的最短轨交(换乘)里程计费,与实际换乘的线路多少、乘坐的站数多少无关。具体计费标准为:①0-6公里收费3元,6公里以上的,每增加10公里加收1元;②轨道交通五号线单线内部实行0-6公里2元,6公里以上3元的优惠票价。
江杨北路-上海南站最短里程不是“3号线(江杨北路-上海南站)”,而可能为“3号线(江杨北路-上海火车站)-1号线(上海火车站-上海南站)”,会较之”3号线(江杨北路-石龙路)“短,因而票价便宜。
参考:【新】上海轨道交通实用(换乘)指南
http://hi.baidu.com/sufe_bus/blog/item/b27d96ff8bebc0395d600804.html