蒙古退出中原后，在漠南建立北元。北元初年，蒙古各部纷争不断，战乱不止，汗权旁落，社会处于动荡之中。达延汗主政之后，打击权臣，统一蒙古各部，调整封建秩序，巩固汗位，分封诸子，在蒙古历史上称为中兴之主。达延汗实行了万户制，将以前的小领地合并为6个万户，分左、右两翼，察哈尔为左翼3个万户之一，大汗驻察哈尔万户境内，是北元王朝的政治中心，并拥有传国玉玺，象征元朝可汗的正统后裔，可直接率领蒙古各部，是皇权势力的象征。因此察哈尔汗是蒙古（北元帝国）名义上的大汗。
达延汗去世后，蒙古境内有大小不同的几十个部落，相互掠夺，经常发生战争。林丹汗继位后，立志要统一蒙古包各部，重新建立统一的蒙古帝国，并不断吞并、欺凌小部落，乃至出兵攻明。后来察哈尔汗国被皇太极打败，林丹汗败走病死。皇太极封其子孔果尔额哲为亲王，位高于内蒙古其他四十九旗，并将二女儿温庄公主下嫁给额哲，将原察哈尔部编为八个扎萨克安置于义州边外。后来，额哲的侄子布尔尼兄弟在康熙年间反叛，被打败后，清政府将察哈尔设置八旗编制。在改编时将一部划入几个旗，或者将其拆散，把部众分别并入他旗，予以分割，又实行掺沙子的办法，将其它蒙古归附的部众也混编入察哈尔。
从妥欢贴睦尔起北元的世系为：
妥欢贴睦尔（成吉思汗八世孙）——脱古思帖木儿——哈尔古楚克都古愣特穆尔鸿台吉（这个名字可真是……）——阿寨台吉——阿噶巴尔济——哈尔固楚克——巴延蒙克——巴图蒙克（即达延汗）——图鲁博罗特——博迪——达赉逊加登——图们——布延——莽和克——林丹——额哲。
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