健康养殖的概念最早是在20世纪90年代中后期我国海水养殖界提出的，以后陆续向淡水养殖、生猪养殖和家禽养殖渗透并完善。自我国对虾养殖业遭受白斑综合征（WSS）病毒病的严重袭击后，20世纪90年代中后期国内的海水养殖界出现了健康养殖这一新概念。徐启家（2000）对健康养殖的定义是：对于可进行养殖的生物种，在较长的养殖时间内，不患病害的产业化。他认为，健康养殖的种类不应仅仅只限于某一种，而应包括可进行产业化养殖的各种水产动物；生产过程的病害也不能仅仅局限于某一种病害如某种病毒病，而应该包括影响产业化生产的多种病害；对于是否发生病害的养殖生产时间，不应只看一两年或三五年，而应该有一段较长的时间范畴。按上述内容要求，健康养殖的概念应该具有整体性（指整个海、淡水养殖行业）、宏观性和生态性的内涵。石文雷（2000）认为，健康养殖是指根据养殖对象的生物学特性，运用生态学、营养学原理来指导养殖生产，也就是说，要为养殖对象营造一个良好的、有利于快速生长的生态环境，提供充足的全营养饲料，使其在生长发育期间最大限度地减少疾病的发生，使生产的食用产品无污染、个体健康、肉质鲜嫩、营养丰富与天然鲜品相当。
张国红是最早将健康养殖引入畜牧养殖业并完善和拓展这一概念的学者。他认为，健康养殖就是指以保护动物健康、保护人类健康、生产安全营养的畜产品为目的，最终以无公害畜牧业的生产为结果。无公害畜产品是指产地环境、生产过程和产品质量符合国家有关标准和规范的要求，经认证合格获得认证证书并允许使用无公害农产品标志的、未经加工或者初加工的畜产品。无公害畜牧业是根据养殖对象的生物学特性，运用生理学、生态学、免疫学、营养学原理来指导养殖生产的一系列系统的原理、技术和方法。
在我国，动物的健康养殖具有重大的现实意义的深远的历史意义。首先，国人希望获得健康食品。因为它是安全的、可靠的、高质的产品，有助于消费者健康。其次，符合畜牧生产者的愿望。与动物疫病作斗争，使畜牧生产者耗费了大量的人力、物力和财力，他们希望有一种安全生产的模式、稳定的市场需求和较高的经济回报。而健康养殖是具有较高经济效益的生产模式。第三，顺应社会发展的需要，符合可持续发展的理念。健康养殖对于资源的开发利用应该是良性的，其生产模式应该是可持续的，其对于环境的影响是有限的，体现了现代畜牧业的经济、生态和社会效益的高度统一，即三大效益并重。