达尔文的《进化论》没有被推翻。但进化论不一定是正确的，只是一个假说，生物起源理论还需要不断完善，科学绝对不会局限于此。
英国生物学家查尔斯·达尔文（1809—1882）曾经乘坐贝格尔号舰作了历时5年的环球航行中，对动植物和地质方面进行了大量的观察和采集后，当时是对物种起源的一种猜测而提出的一种假说。
随着进化论的发展，产生了现代综合进化论，而现代进化学绝大部分以查尔斯·罗伯特·达尔文的进化论为指导，埃尔温·薛定谔的《生命是什么》为主体方向，进化论已为当代生物学的核心思想之一。
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理论缺陷
第一、缺少过渡型化石。按照自然选择学说，生物进化是一个在环境的选择下，逐渐地发生改变的过程，因此在旧种和新种之间，在旧类和新类之间，应该存在过渡形态，而这只能在化石中寻找。
在当时已发现的化石标本中，找不到一具可视为过渡型的。达尔文认为这是由于化石记录不完全，并相信进一步的寻找将会发现一些过渡型化石。
第二、地球的年龄问题。既然自然选择学说认为生物进化是一个逐渐改变的过程，它就需要无比漫长的时间。达尔文认为这个过程至少需要十几亿年。但是当时物理学界的泰斗威廉·汤姆逊（即开尔文勋爵，一个神创论者）用热力学的方法证明地球只有一亿年的历史，
而只有最近的最多两千万年地球才冷却到能够让生命生存。对于物理学家的挑战，达尔文无法反击，只能说“我确信有一天世界将被发现比汤姆逊所计算而得的还要古老”。
第三、无法解释自然选择。达尔文找不到一个合理的遗传机理来解释自然选择。当时的生物学界普遍相信所谓“融合遗传”：父方和母方的性状融合在一起遗传给子代。这似乎是很显然的，白人和黑人结婚生的子女的肤色总是介于黑白之间。
达尔文的《进化论》没有被推翻。但进化论不一定是正确的，只是一个假说，生物起源理论还需要不断完善，科学绝对不会局限于此。
举出“眼睛”这个例子，能驳倒进化论吗，答案是不能。眼睛，依靠一点一点积累的变异，就可以从最简单的感光功能，逐步演化为复杂精巧的器官，这一过程不需要设计者的参与。
如果真有一个钟表匠，他也是一个盲眼钟表匠，他并不设计眼睛的结构和功能，只是做出一点改变，等待自然选择为动力，甄选出适宜的眼睛。
不仅仅是眼睛，蝙蝠的回声定位、各种生物奇妙的生存技能——— 它们和眼睛一样，不是一步到位，而是演化而来的。
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按照自然选择学说，生物进化是一个在环境的选择下，逐渐地发生改变的过程，因此在旧种和新种之间，在旧类和新类之间，应该存在过渡形态，而这只能在化石中寻找。在当时已发现的化石标本中，找不到一具可视为过渡型的。
达尔文认为这是由于化石记录不完全，并相信进一步的寻找将会发现一些过渡型化石。确实，在《物种起源》发表两年后，从爬行类到鸟类的过渡型始祖鸟出土了，以后各种各样的过渡型化石纷纷被发现，最著名的莫过于从猿到人的猿人化石。
如今被称为过渡型的化石已有上千种，与已知的几百万种化石相比，仍然显得非常稀少。这有两方面的原因。一方面，生物化石都是偶然形成的，因此化石记录必然非常不完全；
另一方面，按照现代进化论体系所提出的“间断平衡”理论，生物在进化时，往往是在很长时间的稳定之后，在短时间内完成向新种的进化，因此过渡形态更加难以形成化石。
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《新科学家》承认说：“很可惜，化石纪录却不如所料，因为个别物种的化石之间甚少有已知的中间类型加以连接。其实可考的化石物种看来经过千百万年也并没有进化。”
脊椎动物学家哈劳·哥芬（Harold Coffin）说：“显然曾有很多的适应发生，但这种适应的改变有没有实际使一大族类的生物进化为另一族类呢？来自科学的证据并不支持这样的改变。”
自然科学家约翰·摩尔摩尔（Moore）教授说: “绝对没有任何实验的例证表现曾有一种动物变成另一种，或有一种植物变成另一种。以健全的科学方法促成而可被适当地列为改变的唯一证据仅限于在一类或一族动物范围之内或在一类或一族植物范围之内所发生的遗传变易。”
研究人员常用某些化石记录来证明进化论的真确性，但就算是这些化石记录也常常引起争议。比如说，谈到鱼和两栖动物的化石，生物学家马尔科姆·戈登（Malcolm S. Gordon）说，所找到的化石代表性不足，“不大可能反映那些年代这两类生物的多样性。我们无法知道化石显示的生物彼此有没有关系，跟后来出现的生物又有没有关系。”《Biology and Philosophy》，340页
“拿出一系列化石，声称化石所显示的生物有亲缘关系，这不是个能验证的科学假设，而是个一厢情愿的说法，其可信程度相当于床边故事，虽然动听，也许还有点教育意义，却并不符合科学。”——《探索远古年代——放下化石记录，走向新的生命史》116-117页，亨利·吉着（Henry Gee）
科学家希钦（Francis Hitching）写道：“你若找寻各大类动物之间的连系，就会发觉根本没有这种连系存在。令人出奇的，就是化石漏洞很有规律：在所有要紧的环节上都缺掉化石。”
《长颈鹿的脖子》达尔文自己承认说：“各种类型都截然独特，异类之间又没有无数过渡性的环节将其连接起来。这都是明显的困难。”《物种起源》，54页
古生物学家戴维•劳普（David M. Raup）说：“无论是在达尔文时代还是在今天，地质学家都发现：化石记录是断断续续的，物种在生物史上都是突然出现的，出现后没怎么改变，然后突然消失。”《Field Museum of Natural History Bulletin》
有好几种会飞翔的动物都有化石可考，其中包括鸟类、蝙蝠、绝了种的翼指龙。根据进化论，这些动物必然是从过渡性的祖先进化而成的。可是从来就没有这种过渡的类型被人发现过，连半点线索都没有。有没有任何长颈鹿的化石，脖子只有现在长度的三分之二或者四分之三呢？有没有任何雀鸟的化石，喙部正在由爬行动物的颚变出来呢？有没有任何鱼类的化石证据，展示鱼类正在发展出两栖动物的骨盆，或者有鳍刚要变成两栖动物的腿、足、趾呢？事实摆在眼前：要往化石纪录里找寻诸如此类在发展中的特征，是白费工夫的。
查考过化石记录所提出的证据后，生物学家乔纳森·威尔斯（Jonathan Wells）写道：“以界、门、纲的层面来说，生物有共同祖先并逐渐进化显然不是 科学家凭观察所得的事实。从化石记录和分子结构所提出的证据看来，进化论是站不住脚的。”
遗传学家斯特宾斯（Stebbins）写道：“目前各主门动植物之间并无过渡类型。各大类有机体之间存在着一个个深沟”。
《生物进化的过程》, 147页。“事实上，”《新编进化时间表》说，“化石纪录在不同物种之间连一个确确凿凿的过渡连环也不能够提供出来。”
“对于多种生物并存的情形，进化论不能算是稳固的科学解释。无论是对生物的地理分布还是对化石纪录作仔细的分析，都不能找到直接支持进化的证据。”科学家埃德蒙·塞缪尔（Edmund Samuel）在所著的《生命的系统》一书中提出这样的结论。