鸡蛋的颜色有绿壳、褐壳、白壳。颜色色素组成有3种：原卟啉－IX、胆绿素－IX、胆绿素的锌螯合物。原卟啉－IX形成黄色、粉红色、淡黄色或褐色，而胆绿素及其锌螯合物将引起蓝色和绿色。这3种色素按不同比例，就可以形成从紫蓝色到橄榄绿的不同颜色。蛋壳的色素合成是由一个主效基因及几个微效基因控制的。主要受以下几点因素影响：
遗传品种与年龄。蛋壳颜色深浅与品种和遗传有关，色泽一般比较固定，鸡个体不同蛋壳色素的分泌也不一致，蛋壳颜色也有一定差异，具有较高的遗传力。不同的品系之间杂交的后代所产生的颜色有所不同，产蛋后期蛋壳色素浓度随周龄的增加下降，一方面鸡体内造血机能和其他生理代谢逐渐减退使色素合成不足，另一方面蛋体有随鸡周龄增加而增大的趋势而使蛋壳颜色变浅。
营养。饲料中缺钙磷，蛋壳质量变差。但钙添加过，多钙的沉积会使蛋壳的颜色变浅色泽变差，缺铁或缺铜都可以使鸡营养性贫血降低蛋壳颜色。而维生素E和维生素C能缓解家禽应激反应，对蛋壳颜色有改善作用。
疾病。传染性支气管炎等会导致蛋壳腺萎缩影响蛋壳色素的分泌，可直接引起或继发不同程度的生殖道病理变化，输卵管出现充血水肿或出血严重时造成坏死，黏膜上皮脱落使蛋壳腺体合成和分泌钙及色素机能完全或部分丧失，导致蛋壳褪色变白。
应激。引起家禽应激的因素包括管理、噪音、饲养密度等会导致肾上腺激素的释放，延长蛋的产出时间，使蛋在子宫内停留时间过长形成粉壳蛋。
药物。抗菌素等过量喂饲可导致一些抗菌素的残留和沉淀产生黄色蛋壳。某些抗球虫药物使蛋壳色素沉积量急剧减少，使褐壳蛋壳的反射能力迅速增。加当摄入量较多时，蛋壳壳上膜无色素沉淀。
有些鸡蛋壳是软的，那是因为鸡吃了催蛋药后下的蛋，还没有成熟。