在流行病学调查中，现场调查是关键步骤，需要调查鸡只是否接触过发霉垫料和喂食过霉败饲料。对于鸡曲霉菌病的诊断，幼龄禽和急性病例通常症状明显，包括呼吸道症状，而慢性或毒素中毒的病例则临床表现不典型，病程较长。
病理学检查是诊断的重要手段。死于霉菌病的鸡，其肺部和气囊通常可见大小不一的霉菌结节。若需进一步确认，可取病料进行病理组织学检查。1978年的一项研究发现，鸡对烟曲霉的感染可持续长达170天，且大部分病菌可能局限于气囊，扩散的可能性较小。
病原学检查包括直接镜检和培养鉴定。取病灶如肺部结节和气囊上的霉菌，通过压片并加入特定溶液，显微镜下观察可见曲霉菌丝。或者，将病料接种到特定培养基中，观察菌落形态、颜色和结构，以进行病原鉴定。
鉴别诊断时，幼禽急性病例需与白痢、支原体病和大肠杆菌病等疾病相区别。尽管这些病可能有相似症状，但病理剖检和病原学检查可以提供关键区别。对于可能的霉菌性脑炎，需要与雏鸡脑脊髓炎和新城疫等其他神经系统疾病进行区分，以得出准确的诊断结论。
鸡曲霉菌病。多发生于1 ~ 3周龄以下雏鸡。临床上主要表现为严重的呼吸困难，张口喘气，无罗音，很少采食，急性暴发时死亡率可达50%，曲霉菌侵入眼部时眼皮下蓄有豆渣样物质，眼皮鼓起，角膜溃疡，像“白眼珠”。剖检可见，肺部和气管变为黑紫、灰白色，质地变硬，切面坏死，气囊混浊，有霉菌结节。