要看具体情况来分别对待：如果是药品质量问题可向药监局投诉，如药品价格问题请向物价局（现好像归并到发改局），如是在药店里购买的其他类物品（如百货）可向工商局投诉，如是医保卡问题可向劳保局投诉，如是坐堂行医问题可向卫生局投诉。另外，如不知道具体投诉到那个部门，建议可将问题直接投诉到当地消委会，会给具体指引。
可以通过拨打12331进行举报，12331是国家食药监局要求各地开通的食品药品投诉举报电话，在接到投诉后全部办结的期限一般为60个工作日，情况复杂的，延长期不得超过30个工作日。12331是全国开通统一的食品药品监管部门投诉举报电话。除电话外，单位、个人可通过信件、互联网、传真、走访、手机短信等方式，向监管部门反映药品、医疗器械、保健食品、化妆品在研制、生产、流通、使用环节的违法行为，以及餐饮服务环节食品安全违法行为。依据我国相关法律的规定，患者在购买药品时，如果药品有质量问题的，可以作为消费者进行投诉的，而投诉的部门可以是药品监督管理部门也可以是消委会。
消费者和经营者发生消费者权益争议的，可以通过下列途径解决：
(一)与经营者协商和解；
(二)请求消费者协会或者依法成立的其他调解组织调解；
(三)向有关行政部门投诉；
(四)根据与经营者达成的仲裁协议提请仲裁机构仲裁；
(五)向人民法院提起诉讼。消费者投诉可以采取电话、信函、面谈、互联网形式进行。
但无论采取哪种形式，都要有以下内容：
(一)投诉方及被投诉方基本情况。
(二)具体的投诉内容。损害事实发生的过程及与经营者交涉的情况；
(三)具体的证据。消费者有义务提供与投诉有关的证据，证明购买、使用商品或接受服务与受损害存在因果关系。消费者协会一般不留存争议双方提供的原始证据(原件、实物等)；
(四)具体的投诉请求；
(五)投诉的日期。
法律依据：
《中华人民共和国药品管理法》
第十二条国家建立健全药品追溯制度。国务院药品监督管理部门应当制定统一的药品追溯标准和规范，推进药品追溯信息互通互享，实现药品可追溯。国家建立药物警戒制度，对药品不良反应及其他与用药有关的有害反应进行监测、识别、评估和控制。
第九十九条药品监督管理部门应当依照法律、法规的规定对药品研制、生产、经营和药品使用单位使用药品等活动进行监督检查，必要时可以对为药品研制、生产、经营、使用提供产品或者服务的单位和个人进行延伸检查，有关单位和个人应当予以配合，不得拒绝和隐瞒。药品监督管理部门应当对高风险的药品实施重点监督检查。对有证据证明可能存在安全隐患的，药品监督管理部门根据监督检查情况，应当采取告诫、约谈、限期整改以及暂停生产、销售、使用、进口等措施，并及时公布检查处理结果。药品监督管理部门进行监督检查时，应当出示证明文件，对监督检查中知悉的商业秘密应当保密。
