远古时期，苏丹的土地是非洲黑人的世界；封闭、原始的黑人以部族的方式，生存、繁衍在尼罗河的两岸。公元七世纪开始，饥荒将阿拉伯人逼上了这片土地；从此以后，阿拉伯人向尼罗河两岸的迁徒，就从来没有停止过；苏丹的阿拉伯人总人口为1365万，占全国人口的39%。迁徒到尼罗河的阿拉伯人，带来了崛起的伊斯兰文化；信奉拜物教、基督教的黑人和信仰伊斯兰的阿拉伯人，从文化和信仰上开始发生冲突。
生产力、生产关系极端落后的黑人部族，受到阿拉伯人的歧视；长期以来，黑人被作为阿拉伯人的奴隶被自由的买卖；在奴隶市场上，一个黑奴的价格，最多相当于三只山羊。黑人被当作商品，于是、就不断发生着黑人部族被阿拉伯游牧部落血洗的事件，反抗的成年黑人被残忍地屠杀；女人和儿童被掳，或成为阿拉伯人的黑奴，或被成批的贩卖到其他国家；自从阿拉伯人来到尼罗河，两个种族的斗争就从来也没有停息过。 苏丹的社会大致由三类人群构成：第一类、是公元7世纪开始，从阿拉伯半岛迁徒到这里的阿拉伯人，大约占总人口的40%；第二类、是历史上来自中、西非洲的游牧民族，定居在这里的部落，大约占总人口的10%；第三类、就是这里的原始居民——苏丹的黑人部落，大约占总人口的50%，其中的一半以上，是土著的非洲黑人。
在历史上，撒哈拉大沙漠以南的地区，是非洲黑人的领地；苏丹、是阿拉伯语，其原意就是“黑人的国家”；不断迁徒到尼罗河两岸的、代表先进文化的阿拉伯人，从苏丹北部开始，逐渐将黑人向南部地区挤压；尤其是阿拉伯人领导的“马赫迪”起义，赶走过英国殖民者，使苏丹曾经成为历史上第一个独立的阿拉伯王朝，阿拉伯人无论从文化上和生产力上，都无可争议地成为这块土地上最先进的民族；无论是法国人、土耳其人、英国人统治时期，都不得不将阿拉伯人作为依靠的对象。苏丹独立时，英国和埃及又将苏丹的政权移交到了阿拉伯人手中；于是、苏丹一次又一次地推行伊斯兰化运动，被穆斯林视为异教徒的苏丹黑人，始终处于被歧视、被奴役的苦难之中。
1955年苏丹酝酿独立，北部的阿拉伯人接管了政权，并将阿拉伯语作为苏丹唯一的国语，在向黑人占90%以上的南部地区派出的几百名官员中，只有四名黑人；在英国统治时期，受过英语教育的黑人精英，被排斥在政治决策层之外；原本极度担心奴隶贸易制度卷土重来的南方黑人，对新生的国家机器彻底失去了信心。“南方独立运动”开始在黑人组成的南方军队中酝酿。
1955年9月，以南方黑人为主的部队拒绝被调往北方的命令，公开哗变，发动了武装叛乱。苏丹军界的黑人，纷纷逃亡南方，加入了叛乱队伍，形成了一支足以和政府军抗衡的武装力量。刚刚独立的苏丹，不是调整政策，缓解民族矛盾；而是非常不明智地采用了镇压的手段；于是、苏丹内战不可避免地爆发了。
1985年尼迈里下台后,伊斯兰极端组织穆斯林兄弟会成立了一个基础广泛的伊斯兰政党———全国伊斯兰阵线。它在1986年议会选举中成为议会第三大党。该组织的伊斯兰主张得到巴希尔(UmarHasan al-Bashir)将军的认可和强化,而他以“拯救国家革命”为名,于1989年6月30日发动政变夺取了政权。起初，他声称虽然他与全国伊斯兰阵线共享伊斯兰主张，但和该组织并没有关系。
1983年南北方重新敌对后，宗教和国家的关系问题,尤其是伊斯兰法《沙里亚法》的作用问题，已作为冲突的中心因素而显现。冲突双方的宗教信仰决定了各自的认同。对北方人而言,伊斯兰不仅是他们的一种信仰和生活方式,而且是他们同阿拉伯国家联结的文化和种族认同。而对南方人来说,伊斯兰不仅仅是一种宗教，它还是一种作为种族、民族和文化现象的阿拉伯主义，它排斥作为非洲黑人及基督教徒和本土宗教徒的南方人。苏丹的种族问题不只是一个肤色和相貌的官能问题，还是一种思想,一种自我感知:北方人自视为阿拉伯人，不管他们的肤色有多么黑。
宗教决定着苏丹南北方人的认同。南方人反对伊斯兰化和阿拉伯化，促进了其基督教认同。南方人现把本土文化、基督教以及西方文化的共同元素结合起来，以对抗伊斯兰教和北方强加给他们的有关阿拉伯认同。北方的伊斯兰学者阿卜杜?瓦哈布?阿芬迪(Abd al-Wahhab al-Affendi)指出了苏丹的宗教困境:伊斯兰教和苏丹北方的民族主义之间的紧密结合无疑剥夺了伊斯兰教在苏丹南方的优势。当北方受到这些问题的困扰时，苏丹人民解放军的非洲民族主义吸引力在北方也受到了类似问题的制约。强烈认同阿拉伯传统的苏丹北方人没有受非洲民族主义诱惑的危险。但是同样地,伊斯兰意识形态肯定是非穆斯林所无法接受的。
此外，两种敌对文化观点的冲突还有跨越国界的含义,因为两个认同群体沿着各自的宗教和种族路线同非洲内外保持着密切联系，这样的联系潜在地扩大了冲突范围。阿拉伯-伊斯兰世界在苏丹北方看到了必须支持并已支持的认同。也正因为如此，苏丹南方成了基督教界、西方国家、甚至犹太复国主义的一个支持对象。反过来,这又给阿拉伯-伊斯兰世界同北方的团结提供了一个坚实的基础。另一方面,黑非洲从苏丹南方的困境中看到了必须反抗的屈辱的种族压迫。苏丹的确存在阿拉伯-伊斯兰同非洲的潜在冲突。无疑，苏丹既是不同认同之间的链接点，也是这些不同认同之间的对抗点。
